+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l4q | ||||||
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Title | Methionine Adenosyltransferase | ||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / cytoplasmic | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Schlesier, J. / Siegrist, J. / Gerhardt, S. / Andexer, J.N. / Einsle, O. | ||||||
Citation | Journal: Bmc Struct.Biol. / Year: 2013 Title: Structural and functional characterisation of the methionine adenosyltransferase from Thermococcus kodakarensis. Authors: Schlesier, J. / Siegrist, J. / Gerhardt, S. / Erb, A. / Blaesi, S. / Richter, M. / Einsle, O. / Andexer, J.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4l4q.cif.gz | 626.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4l4q.ent.gz | 524.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4l4q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44672.910 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus kodakarensis (archaea) / Gene: mat, metK, TK0545 / Plasmid: pET28+::metK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-CodonPlus-RP / References: UniProt: Q5JF22, methionine adenosyltransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 50 mM HEPES/NaOH pH 7.5, 35% pentaerythritol, propoxylate, 3% (w/v) sucrose, 0.2 M potassium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 2, 2013 |
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 120317 / Num. obs: 119397 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.69 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1012 / Net I/σ(I): 9.17 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 10.236 / SU ML: 0.141 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.169 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.991 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→46.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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