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Yorodumi- PDB-4ktd: Fab fragment of HIV vaccine-elicited CD4bs-directed antibody, GE1... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ktd | ||||||
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Title | Fab fragment of HIV vaccine-elicited CD4bs-directed antibody, GE136, from non-human primate | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody Affinity / Antibody Specificity / Vaccine Elicited Antibodies / Fab fragment / AIDS Vaccines | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Macaca mulatta (Rhesus monkey) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Poulsen, C. / Tran, K. / Standfield, R. / Wyatt, R.T. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Vaccine-elicited primate antibodies use a distinct approach to the HIV-1 primary receptor binding site informing vaccine redesign. Authors: Tran, K. / Poulsen, C. / Guenaga, J. / de Val Alda, N. / Wilson, R. / Sundling, C. / Li, Y. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Ward, A.B. / Karlsson Hedestam, G.B. / Wyatt, R.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ktd.cif.gz | 180.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ktd.ent.gz | 148.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ktd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24620.561 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Fab fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Plasmid: CMV-R expression plasmid / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
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#2: Antibody | Mass: 23384.951 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Plasmid: CMV-R expression plasmid / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 0.1M Citric Acid, 1.6M Ammonium Sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→40 Å / Num. all: 34482 / Num. obs: 33654 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.099 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→38.816 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8243 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.12 Å2 / Biso mean: 29.5436 Å2 / Biso min: 11.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→38.816 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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