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Yorodumi- PDB-3qdw: Structure of the hexagonal form of the Boletus edulis lectin in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qdw | |||||||||
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Title | Structure of the hexagonal form of the Boletus edulis lectin in complex with N-acetyl glucosamine and N-acetyl galactosamine | |||||||||
Components | BOLETUS EDULIS LECTIN | |||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / Boletus edulis / lectin / mushroom / T-antigen disaccharide / N-acetyl glucosamine / N-acetyl galactosamine / Carbohydrate | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Boletus edulis (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | |||||||||
Citation | Journal: Glycobiology / Year: 2011 Title: Structure of a lectin with antitumoral properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms. Authors: Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qdw.cif.gz | 132.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qdw.ent.gz | 104 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qdw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3qdsC 3qdtC 3qduC 3qdvC 3qdxC 3qdyC 1y2tS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15851.834 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Boletus edulis (fungus) / References: UniProt: F2Z266*PLUS #2: Sugar | #3: Sugar | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.6 Details: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 30% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM16 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 7, 2004 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→45 Å / Num. obs: 36987 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 21.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1Y2T Resolution: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.551 / SU ML: 0.061 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.1 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.972 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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