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Yorodumi- PDB-3ot9: Phosphopentomutase from Bacillus cereus bound to glucose-1,6-bisp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ot9 | ||||||
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Title | Phosphopentomutase from Bacillus cereus bound to glucose-1,6-bisphosphate | ||||||
Components | Phosphopentomutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / alkaline phosphatase like core domain / phosphopentomutase / ribose-5-phosphate / ribose-1-phosphate / glucose-1 / 6-bisphosphate / phosphoryl transfer | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / cellular metabolic compound salvage / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / deoxyribonucleotide catabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G. / Phalen, V. / Wadzinski, B. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Bacillus cereus Phosphopentomutase Is an Alkaline Phosphatase Family Member That Exhibits an Altered Entry Point into the Catalytic Cycle. Authors: Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G.R. / Phelan, V.V. / McDonald, W.H. / Wadzinski, B.E. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ot9.cif.gz | 515.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ot9.ent.gz | 423 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ot9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3m8wSC 3m8yC 3m8zC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44591.305 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) / Strain: ATCC 14579 / Gene: BC_4087, deoB / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 gold DE3 / References: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | #4: Sugar | ChemComp-G16 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.86 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.979 Å |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 141561 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 23.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.81 Å / Redundancy: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 69.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3M8W Resolution: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.436 / SU ML: 0.066 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.099 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.66 Å2 / Biso mean: 26.9567 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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