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Yorodumi- PDB-3imf: 1.99 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehyd... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3imf | ||||||
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Title | 1.99 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' | ||||||
Components | Short chain dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2,4-dienoyl-CoA reductase [(2E)-enoyl-CoA-producing] / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / : Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | ||||||
Authors | Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 1.99 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' Authors: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3imf.cif.gz | 213.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3imf.ent.gz | 175.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3imf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1w8dS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28418.074 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (bacteria) Strain: Ames Ancestor / Gene: BAS3900, BA_4204, GBAA4204, GBAA_4204, YP_020848 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3) / References: UniProt: Q81MP2, UniProt: A0A6L8NTZ6*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 20% MPD, 0.1M Mg Acetate, 50mM MES pH 5.6. For cryoprotection, 5% Glycerol, 5% Sucrose, 5% Ethylene glycol were used, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 7, 2009 / Details: Beryllium lenses/Diamond Laue Mono |
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→30 Å / Num. all: 136276 / Num. obs: 136276 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.79 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.03 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 6792 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1W8D Resolution: 1.99→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.524 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.15 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.705 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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