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Yorodumi- PDB-3ii0: Crystal structure of human Glutamate oxaloacetate transaminase 1 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ii0 | ||||||
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Title | Crystal structure of human Glutamate oxaloacetate transaminase 1 (GOT1) | ||||||
Components | Aspartate aminotransferase, cytoplasmicAspartate transaminase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glutamate oxaloacetate transaminase 1 / aspartate aminotransferase 1 / pyridoxal phosphate-dependent enzyme / amino acid metabolism / urea and tricarboxylic acid cycles / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Aminotransferase / Phosphoprotein / Pyridoxal phosphate | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / Methionine salvage pathway / aspartate biosynthetic process / aspartate catabolic process / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process ...phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / Methionine salvage pathway / aspartate biosynthetic process / aspartate catabolic process / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / Aspartate and asparagine metabolism / 2-oxoglutarate metabolic process / oxaloacetate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / Gluconeogenesis / fatty acid homeostasis / response to glucocorticoid / Notch signaling pathway / gluconeogenesis / cellular response to insulin stimulus / pyridoxal phosphate binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Cooper, C. / Bray, J.E. / Yue, W.W. / Muniz, J. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Cooper, C. / Bray, J.E. / Yue, W.W. / Muniz, J. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of human Glutamate oxaloacetate transaminase 1 (GOT1) Authors: Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Cooper, C. / Bray, J.E. / Yue, W.W. / Muniz, J. / Chaikuad, A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ii0.cif.gz | 344.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ii0.ent.gz | 278.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ii0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ajsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 47755.688 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 14-412 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GOT1 / Plasmid: pNIC-CTHF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / References: UniProt: P17174, aspartate transaminase #2: Chemical | ChemComp-PLP / #3: Chemical | ChemComp-TAR / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 0 Details: 0.25M Na_K_tartrate; 15w/v PEG_3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→56.04 Å / Num. obs: 127732 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.16 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 74702 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1AJS Resolution: 2.05→56.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 9.293 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.157 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.762 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→56.04 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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