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Yorodumi- PDB-3eef: Crystal structure of N-carbamoylsarcosine amidase from thermoplas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3eef | ||||||
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Title | Crystal structure of N-carbamoylsarcosine amidase from thermoplasma acidophilum | ||||||
Components | N-carbamoylsarcosine amidase related protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / N-CARBAMOYLSARCOSINE AMIDASE / Protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermoplasma acidophilum (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Luo, H.-B. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2010 Title: Crystal structure and molecular modeling study of N-carbamoylsarcosine amidase Ta0454 from Thermoplasma acidophilum. Authors: Luo, H.B. / Zheng, H. / Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3eef.cif.gz | 76.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3eef.ent.gz | 61.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3eef.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eef | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 20793.594 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma acidophilum (acidophilic) / Gene: Ta0454 / Plasmid: P15TV LIC / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / References: UniProt: Q9HKY9, N-carbamoylsarcosine amidase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 273 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: NH4 sulfatte 2M, ISO-PROPANOLE 5%, VAPOR DIFFUSION - SITTING DROP, TEMPERATURE 273K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2008 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→40.85 Å / Num. obs: 16452 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 59.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 65.83 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.39 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.35→40.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 15.384 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.241 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.88 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→40.85 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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