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Yorodumi- PDB-3b1w: Crystal structure of an S. thermophilus NFeoB E67A mutant bound to GDP -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3b1w | ||||||
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Title | Crystal structure of an S. thermophilus NFeoB E67A mutant bound to GDP | ||||||
Components | Ferrous iron uptake transporter protein B | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / G protein / iron transport / GTPase / transmembrane / potassium | ||||||
Function / homology | Function and homology information ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Ash, M.R. / Maher, M.J. / Guss, J.M. / Jormakka, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2011 Title: A suite of Switch I and Switch II mutant structures from the G-protein domain of FeoB Authors: Ash, M.R. / Maher, M.J. / Guss, J.M. / Jormakka, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3b1w.cif.gz | 401.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3b1w.ent.gz | 330.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3b1w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/3b1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/3b1w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3b1vC 3b1xC 3b1yC 3b1zC 3lx8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30145.115 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: NFeoB, UNP residues 1-270 / Mutation: E67A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus thermophilus (bacteria) / Strain: LMG 18311 / Gene: FeoB / Plasmid: pGEX-4T-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5M586 #2: Chemical | ChemComp-GDP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 0.1M ammonium acetate, 0.1M bis-tris(pH 6.0), 11%(w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95369 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 43672 / Num. obs: 43672 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3LX8 Resolution: 2.5→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 20.693 / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.297 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→47.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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