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Yorodumi- PDB-2zni: Crystal structure of Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) complex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2zni | ||||||
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Title | Crystal structure of Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) complex from Desulfitobacterium hafniense | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE/RNA / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / transferase activity / tRNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Desulfitobacterium hafniense (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Nozawa, K. / Araiso, Y. / Soll, D. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2009 Title: Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) structure reveals the molecular basis of orthogonality Authors: Nozawa, K. / O'Donoghue, P. / Gundllapalli, S. / Araiso, Y. / Ishitani, R. / Umehara, T. / Soll, D. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2zni.cif.gz | 405.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2zni.ent.gz | 329.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2zni.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/2zni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/2zni | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35481.652 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Desulfitobacterium hafniense (bacteria) Gene: pylS / Plasmid: pET-15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)CodonPlus / References: UniProt: B0S4P3, pyrrolysine-tRNAPyl ligase #2: RNA chain | Mass: 23229.859 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Transcribed in vitro with T7 RNA polymerase #3: Chemical | ChemComp-CA / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 90mM MES (pH6.0), 5.4% 2-propanol, 180mM calcium acetate, 2% ethanol, 10mM Tris-Cl (pH8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.97942 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Rotated-inclined double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. all: 21576 / Num. obs: 21576 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 79.37 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PylS Resolution: 3.1→46.636 Å / FOM work R set: 0.754 / Isotropic thermal model: RESTRAINED and TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / Stereochemistry target values: ML / Details: 8 TLS groups are used
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.201 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 46.34 Å2 / Biso mean: 121.36 Å2 / Biso min: 355.35 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→46.636 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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