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Yorodumi- PDB-2yn2: Huf protein - paralogue of the tau55 histidine phosphatase domain -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yn2 | |||||||||
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Title | Huf protein - paralogue of the tau55 histidine phosphatase domain | |||||||||
Components | UNCHARACTERIZED PROTEIN YNL108C | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / HISTIDINE PHOSPHATASE DOMAIN / PHOSPHOGLYCERATE MUTASE DOMAIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (brewer's yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Taylor, N.M.I. / Glatt, S. / Hennrich, M. / von Scheven, G. / Grotsch, H. / Fernandez-Tornero, C. / Rybin, V. / Gavin, A.C. / Kolb, P. / Muller, C.W. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Structural and Functional Characterization of a Phosphatase Domain within Yeast General Transcription Factor Tfiiic. Authors: Taylor, N.M.I. / Glatt, S. / Hennrich, M.L. / Von Scheven, G. / Grotsch, H. / Fernandez-Tornero, C. / Rybin, V. / Gavin, A. / Kolb, P. / Muller, C.W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yn2.cif.gz | 163 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yn2.ent.gz | 132.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yn2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yn0SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31973.443 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (brewer's yeast) Strain: S288C / Production host: ESCHERICHIA COLI BL21 (bacteria) / Variant (production host): PRARE / References: UniProt: P53929 |
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#2: Chemical | ChemComp-FMT / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.46 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 5.9 / Details: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 26% PEG 3,350, pH 5.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97633 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 18, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97633 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 27487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.17 % / Biso Wilson estimate: 44.322 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.19 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 11.38 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2YN0 (EDITED WITH SCULPTOR) Resolution: 2.05→43.36 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.81 / Phase error: 28.56 / Stereochemistry target values: ML Details: RESIDUES 2-263 ARE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, EXCEPT FOR RESIDUES 209-216, WHICH ARE DISORDERED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.89 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.055 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→43.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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