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Yorodumi- PDB-2xgx: Crystal structure of transcription factor NtcA from Synechococcus... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xgx | ||||||
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Title | Crystal structure of transcription factor NtcA from Synechococcus elongatus (mercury derivative) | ||||||
Components | GLOBAL NITROGEN REGULATOR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / NITROGEN ASSIMILATION / CRP/FNR SUPERFAMILY / CYANOBACTERIA / 2-OXOGLUTARATE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.85 Å | ||||||
Authors | Llacer, J.L. / Castells, M.A. / Rubio, V. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2010 Title: Structural Basis for the Regulation of Ntca-Dependent Transcription by Proteins Pipx and Pii. Authors: Llacer, J.L. / Espinosa, J. / Castells, M.A. / Contreras, A. / Forchhammer, K. / Rubio, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xgx.cif.gz | 93 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xgx.ent.gz | 75.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xgx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4064, -0.9017, -0.1476), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 24862.053 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: AN HG ATOM BOUND TO EACH CYS 156 OF THE NTCA DIMER. Source: (gene. exp.) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (bacteria) / Strain: PCC 7942 / Plasmid: PET15B / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): ROSETTA / References: UniProt: P29283 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-BTB / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.2 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: NTCA PROTEIN WAS AT 4.7 MG/ML IN 50 MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 0.5 M NACL, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM NA L-GLUTAMATE AND 10 MM 2- OXOGLUTARATE (2OG). ...Details: NTCA PROTEIN WAS AT 4.7 MG/ML IN 50 MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 0.5 M NACL, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM NA L-GLUTAMATE AND 10 MM 2- OXOGLUTARATE (2OG). CRISTALLIZATION SOLUTION: 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 36 % PEG 400. THEN, SOAKED IN THE SAME SOLUTION CONTAINING ALSO 10MM 2OG AND 2 MM HGCL2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM16 / Wavelength: 1.007 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.007 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→74.5 Å / Num. obs: 16626 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 74.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→3 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 28.068 / SU ML: 0.251 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.745 / ESU R Free: 0.332 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.129 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→50 Å
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Refine LS restraints |
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