+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2x0d | ||||||
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Title | APO structure of WsaF | ||||||
Components | WSAF | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / GT4 FAMILY | ||||||
Function / homology | Rossmann fold - #11090 / : / WsaF, N-terminal domain / polysaccharide binding / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / WsaF Function and homology information | ||||||
Biological species | GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.28 Å | ||||||
Authors | Steiner, K. / Hagelueken, G. / Naismith, J.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Structural Basis of Substrate Binding in Wsaf, a Rhamnosyltransferase from Geobacillus Stearothermophilus. Authors: Steiner, K. / Hagelueken, G. / Messner, P. / Schaeffer, C. / Naismith, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2x0d.cif.gz | 163.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2x0d.ent.gz | 137.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2x0d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 48780.523 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (bacteria) Strain: 2004/3A / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q7BG50 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.91 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 18%(W/V) PEG 3350, 0.22M AMMONIUM CHLORIDE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9764 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9764 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→47.3 Å / Num. obs: 39051 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / Redundancy: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.28→2.34 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.28→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 15.915 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.232 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.63 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.28→47.14 Å
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Refine LS restraints |
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