[English] 日本語
Yorodumi- PDB-1wce: Crystal structure of the T13 IBDV viral particle reveals a missin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1wce | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the T13 IBDV viral particle reveals a missing link in icosahedral viruses evolution | ||||||
Components | MAJOR STRUCTURAL PROTEIN VP2 | ||||||
Keywords | VIRUS / NON-ENVELOPED ICOSAHEDRAL VIRUSES / DOUBLE-STRANDED RNA VIRUS PROTEIN / BIRNAVIRUS / TRANSCRIPTASE MACHINERY / HYDROLASE / MEMBRANE TRANSLOCATION ACTIVITY / EVOLUTION / ICOSAHEDRAL VIRUS | ||||||
Function / homology | Function and homology information T=13 icosahedral viral capsid / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases / serine-type peptidase activity / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS (Gumboro virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 7 Å | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M | ||||||
Authors | Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Gutsche, I. / Pous, J. / Bressanelli, S. / Navaza, J. / Delmas, B. / Rey, F.A. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2005 Title: The Birnavirus Crystal Structure Reveals Structural Relationships Among Icosahedral Viruses. Authors: Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Gutsche, I. / Pous, J. / Navaza, J. / Bressanelli, S. / Delmas, B. / Rey, F.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1wce.cif.gz | 176.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb1wce.ent.gz | 127.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1wce.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/1wce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/1wce | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1wcdSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Symmetry | Point symmetry: (Schoenflies symbol: I (icosahedral)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
|