+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1r0j | ||||||
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Title | nickel-substituted rubredoxin | ||||||
Components | Rubredoxin | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / rubredoxin / iron-sulfur / Clostridium pasteurianum | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium pasteurianum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C.J. / Guss, J.M. / Wedd, A.G. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2004 Title: Metal-substituted derivatives of the rubredoxin from Clostridium pasteurianum. Authors: Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C. / Guss, J.M. / Wedd, A.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1r0j.cif.gz | 22.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1r0j.ent.gz | 14.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1r0j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/1r0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/1r0j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1r0fC 1r0gC 1r0hC 1r0iC 1iroS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6051.611 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium pasteurianum (bacteria) / Plasmid: pkk223-3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P00268 |
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#2: Chemical | ChemComp-NI / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.08 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / PH range low: 4.6 / PH range high: 4 | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU200 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IIC / Detector: IMAGE PLATE / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→100 Å / Num. all: 3599 / Num. obs: 3599 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 299 / % possible all: 77.3 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 8168 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 77.3 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 1iro Resolution: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 4.028 / SU ML: 0.124 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.191 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.528 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 18.9025 Å / Origin y: 25.2948 Å / Origin z: 18.9636 Å
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 20 Å / Num. reflection obs: 3128 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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