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Yorodumi- PDB-1pry: Structure Determination of Fibrillarin Homologue From Hyperthermo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1pry | ||||||
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Title | Structure Determination of Fibrillarin Homologue From Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus (Pfu-65527) | ||||||
Components | Fibrillarin-like pre-rRNA processing protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Fibrillarin / Pyrococcus furiosus / snoRNP / ribosomal RNA processing / methylation / Pfu-65527 / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA processing / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / rRNA processing / methylation / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pyrococcus furiosus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Single Anomalous Scattering / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Deng, L. / Starostina, N.G. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2004 Title: Structure determination of fibrillarin from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus Authors: Deng, L. / Starostina, N.G. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1pry.cif.gz | 60.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1pry.ent.gz | 44.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1pry.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1pry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1pry | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25784.809 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Gene: FLPA OR PF0059 / Plasmid: pET-21b(+) / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8U4M2 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 8.5 Details: PEG 6000, ammonium phosphate, pH 8.5, Microbatch, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 18 ℃ / Method: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.97→40.46 Å / Num. all: 18879 / Num. obs: 18879 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.4 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.05 Å / Rsym value: 0.378 / % possible all: 33.9 | |||||||||||||||
Reflection | *PLUS % possible obs: 82.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: Single Anomalous Scattering / Resolution: 1.97→53.45 Å / SU B: 4.782 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.193 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.298 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→53.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Xplor file |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 40.06 Å / Num. reflection obs: 17950 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.42 / Rfactor Rwork: 0.314 |