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Yorodumi- PDB-1p3d: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine ligase (M... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1p3d | ||||||
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Title | Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine ligase (MurC) in Complex with UMA and ANP. | ||||||
Components | UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / alpha/beta protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2003 Title: Crystal Structures of Active Fully Assembled Substrate- and Product-Bound Complexes of UDP-N-Acetylmuramic Acid:L-Alanine Ligase (MurC) from Haemophilus influenzae. Authors: Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1p3d.cif.gz | 213.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1p3d.ent.gz | 167.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1p3d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p3d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1p31SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52760.590 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: MURC / Plasmid: pSX29 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DL41 References: UniProt: P45066, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: PEG 4000, isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / Method: vapor diffusion, sitting drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Sep 30, 2002 |
Radiation | Monochromator: Si crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→25 Å / Num. all: 117454 / Num. obs: 113461 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.31 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 10574 / % possible all: 90.5 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 488589 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 90.5 % / Rmerge(I) obs: 0.54 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1P31 Resolution: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.899 / SU ML: 0.062 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.093 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.505 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.168 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 1.7 Å |