+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1kxo | ||||||
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Title | ENGINEERED LIPOCALIN DIGA16 : APO-FORM | ||||||
Components | DigA16 | ||||||
Keywords | LIGAND BINDING PROTEIN / pieris brassicae / lipocalin / anticalin / genetical engineering / digoxigenin | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pieris brassicae (large cabbage white) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Korndoerfer, I.P. / Skerra, A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2003 Title: Structural mechanism of specific ligand recognition by a lipocalin tailored for the complexation of digoxigenin. Authors: Korndoerfer, I.P. / Schlehuber, S. / Skerra, A. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2000 Title: A Novel Type of Receptor Protein, based on the Lipocalin Scaffold, with Specificity for Digoxigenin Authors: Schlehuber, S. / Beste, G. / Skerra, A. #2: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 1999 Title: Small Antibody-like Proteins with Prescribed Ligand Specificities Derived from the Lipocalin Fold. Authors: Beste, G. / Schmidt, F.S. / Stibora, T. / Skerra, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1kxo.cif.gz | 49.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1kxo.ent.gz | 35.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1kxo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/1kxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/1kxo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20833.158 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: genetically engineered variant of bilin binding protein Source: (gene. exp.) Pieris brassicae (large cabbage white) / Plasmid: pbbp21-diga16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): jm83 / References: UniProt: P09464 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 51.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 Details: 0.1-M Hepes, 10% Isopropanole, 19% PEG 4000, pH = 7.8, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop / PH range low: 8 / PH range high: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 6, 2001 |
Radiation | Monochromator: osmic mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→48.22 Å / Num. all: 14754 / Num. obs: 14754 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1260 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 77.2 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å / Lowest resolution: 99 Å / Num. measured all: 72064 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 77.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: The structure of diga16 in presence of digoxigenin Resolution: 1.8→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 5.518 / SU ML: 0.171 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.176 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.316 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→48.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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