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Yorodumi- PDB-1j2g: Crystal structure of Urate oxidase from Bacillus SP. TB-90 co-cry... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1j2g | ||||||
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Title | Crystal structure of Urate oxidase from Bacillus SP. TB-90 co-crystallized with 8-Azaxanthine | ||||||
Components | UricaseUrate oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / T-fold barrel / purine | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Hibi, T. / Nago, T. / Nishiya, Y. / Oda, J. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of urate oxidase from Bacillus SP. Authors: Hibi, T. / Nago, T. / Nishiya, Y. / Oda, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1j2g.cif.gz | 258.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1j2g.ent.gz | 209.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1j2g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36581.207 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 1-319 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus sp. (bacteria) / Strain: TB-90 / Plasmid: pUO6 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 References: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-AZA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG 8000, lithium sulfate, Tris-HCl, 8-azaxanthine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Sep 28, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→48.01 Å / Num. all: 75717 / Num. obs: 75560 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10109 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 90 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.968 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.263 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→48.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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