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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5936 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of the Moloney murine leukemia virus furin precursor Env in its native form | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the native furin cleavage deficient mutant (R466G/K468G) Env of Moloney murine leukemia virus | |||||||||
試料 |
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キーワード | Furin precursor / Moloney murine leukemia virus / Env maturation | |||||||||
生物種 | Moloney murine leukemia virus (マウス白血病ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sjoberg M / Wu SR / Loving R / Rantalainen K / Lindqvist B / Garoff H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014 タイトル: Furin cleavage of the Moloney murine leukemia virus Env precursor reorganizes the spike structure. 著者: Mathilda Sjöberg / Shang-Rung Wu / Robin Löving / Kimmo Rantalainen / Birgitta Lindqvist / Henrik Garoff / 要旨: The trimeric Moloney murine leukemia virus Env protein matures by two proteolytic cleavages. First, furin cleaves the Env precursor into the surface (SU) and transmembrane (TM) subunits in the cell ...The trimeric Moloney murine leukemia virus Env protein matures by two proteolytic cleavages. First, furin cleaves the Env precursor into the surface (SU) and transmembrane (TM) subunits in the cell and then the viral protease cleaves the R-peptide from TM in new virus. Here we analyzed the structure of the furin precursor, by cryoelectron microscopy. We transfected 293T cells with a furin cleavage site provirus mutant, R466G/K468G, and produced the virus in the presence of amprenavir to also inhibit the R-peptide cleavage. Although Env incorporation into particles was inhibited, enough precursor could be isolated and analyzed by cryoelectron microscopy to yield a 3D structure at 22 Å resolution. This showed an open cage-like structure like that of the R-peptide precursor and the mature Env described before. However, the middle protrusion of the protomeric unit, so prominently pointing out from the side of the more mature forms of the Env, was absent. Instead, there was extra density in the top protrusion. This suggested that the C-terminal SU domain was associated alongside the receptor binding N-terminal SU domain in the furin precursor. This was supported by mapping with a SU C-terminal domain-specific antigen binding fragment. We concluded that furin cleavage not only separates the subunits and liberates the fusion peptide at the end of TM but also allows the C-terminal domain to relocate into a peripheral position. This conformational change might explain how the C-terminal domain of SU gains the potential to undergo disulfide isomerization, an event that facilitates membrane fusion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5936.map.gz | 343.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5936-v30.xml emd-5936.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5936.gif 80_5936.gif | 24.2 KB 2.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5936 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5936 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5936.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the native furin cleavage deficient mutant (R466G/K468G) Env of Moloney murine leukemia virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Native form of furin cleavage deficient mutant (R466G/K468G) Env ...
全体 | 名称: Native form of furin cleavage deficient mutant (R466G/K468G) Env of Moloney murine leukemia virus |
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要素 |
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-超分子 #1000: Native form of furin cleavage deficient mutant (R466G/K468G) Env ...
超分子 | 名称: Native form of furin cleavage deficient mutant (R466G/K468G) Env of Moloney murine leukemia virus タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Affinity purified, gradient separated protein in 0.05% Triton X-100 集合状態: trimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 500 KDa / 理論値: 270 KDa / 手法: Estimated from Blue native PAGE |
-分子 #1: gp90
分子 | 名称: gp90 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Furin precursor / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Moloney murine leukemia virus (マウス白血病ウイルス) |
分子量 | 実験値: 500 KDa / 理論値: 270 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1.8 mM CaCl2, pH 7.4 |
グリッド | 詳細: 400 mesh holey carbon grid, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II 手法: Blotted for 3 seconds before plunging in liquid ethane, followed by transfer into liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 43200 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 43200 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 93 K / 最高: 96 K / 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using online FFT. |
日付 | 2013年1月25日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 1213 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 2次元分類 | クラス数: 30 |
最終 角度割当 | 詳細: EMAN |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1, EMAN2 詳細: Final maps were calculated from seven averaged datasets. The particles were selected using an automatic selection program. Damaged particles were removed after visual inspection. 使用した粒子像数: 9802 |
詳細 | The particles were selected using a semi-automatic selection program in EMAN. |