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万見
- EMDB-5922: 3.6 Angstrom resolution MAVS filament generated from helical reco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5922
タイトル3.6 Angstrom resolution MAVS filament generated from helical reconstruction
マップデータ3.6 Angstrom resolution MAVS filament generated from helical reconstruction
試料
  • 試料: MAVS filament
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondria Anti-viral Signaling protein, CARD domain
キーワードCARD / MAVS / innate immunity (自然免疫系) / RIG-I (RIG-I) / MDA5 (MDA5) / spontaneous filament formation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / peroxisomal membrane / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interferon-beta production / activation of innate immune response / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interleukin-8 production / ミトコンドリア / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of tumor necrosis factor production / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / 自然免疫系 / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
IPS1, CARD domain / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial antiviral-signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Wu B / Peisley A / Li Z / Egelman E / Walz T / Penczek P / Hur S
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014
タイトル: Molecular imprinting as a signal-activation mechanism of the viral RNA sensor RIG-I.
著者: Bin Wu / Alys Peisley / David Tetrault / Zongli Li / Edward H Egelman / Katharine E Magor / Thomas Walz / Pawel A Penczek / Sun Hur /
要旨: RIG-I activates interferon signaling pathways by promoting filament formation of the adaptor molecule, MAVS. Assembly of the MAVS filament is mediated by its CARD domain (CARD(MAVS)), and requires ...RIG-I activates interferon signaling pathways by promoting filament formation of the adaptor molecule, MAVS. Assembly of the MAVS filament is mediated by its CARD domain (CARD(MAVS)), and requires its interaction with the tandem CARDs of RIG-I (2CARD(RIG-I)). However, the precise nature of the interaction between 2CARD(RIG-I) and CARD(MAVS), and how this interaction leads to CARD(MAVS) filament assembly, has been unclear. Here we report a 3.6 Å electron microscopy structure of the CARD(MAVS) filament and a 3.4 Å crystal structure of the 2CARD(RIG-I):CARD(MAVS) complex, representing 2CARD(RIG-I) "caught in the act" of nucleating the CARD(MAVS) filament. These structures, together with functional analyses, show that 2CARD(RIG-I) acts as a template for the CARD(MAVS) filament assembly, by forming a helical tetrameric structure and recruiting CARD(MAVS) along its helical trajectory. Our work thus reveals that signal activation by RIG-I occurs by imprinting its helical assembly architecture on MAVS, a previously uncharacterized mechanism of signal transmission.
履歴
登録2014年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月30日-
マップ公開2014年7月30日-
更新2015年7月15日-
現状2015年7月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5922.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5922.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.6 Angstrom resolution MAVS filament generated from helical reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.62 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 3.0 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-1.05258262 - 9.221683499999999
平均 (標準偏差)0.88586605 (±1.48749304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-64
サイズ160160128
Spacing160160128
セルA: 99.2 Å / B: 99.2 Å / C: 79.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.620.620.62
M x/y/z160160128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z99.20099.20079.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-64
NC/NR/NS160160128
D min/max/mean-1.0539.2220.886

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MAVS filament

全体名称: MAVS filament
要素
  • 試料: MAVS filament
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondria Anti-viral Signaling protein, CARD domain

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超分子 #1000: MAVS filament

超分子名称: MAVS filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The density is only a section of the filament. / 集合状態: filament / Number unique components: 1
分子量実験値: 150 KDa / 理論値: 150 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

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分子 #1: Mitochondria Anti-viral Signaling protein, CARD domain

分子名称: Mitochondria Anti-viral Signaling protein, CARD domain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MAVS / 集合状態: filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)
配列UniProtKB: Mitochondrial antiviral-signaling protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl
グリッド詳細: glow-discharged Quantifoil R1.2/1.3 holey carbon grids
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40410 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
詳細Movies were recorded at liquid nitrogen temperature with a K2 Summit direct detector device camera operated in super-resolution mode with dose-fractionation.
日付2013年8月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 1863 / 平均電子線量: 31 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.13 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 101.1 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Helicon
詳細The electron density map of the filament was reconstructed using a helical geometrically constrained reconstruction approach (Helicon).

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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