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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1271 | |||||||||
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タイトル | Structural model of full-length human Ku70-Ku80 heterodimer and its recognition of DNA and DNA-PKcs. | |||||||||
マップデータ | Frontal view of the Ku+DNA volume at a thresold of 2.5 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | : / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / 細胞核 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Rivera-Calzada A / Spagnolo L / Pearl LH / Llorca O | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2007 タイトル: Structural model of full-length human Ku70-Ku80 heterodimer and its recognition of DNA and DNA-PKcs. 著者: Angel Rivera-Calzada / Laura Spagnolo / Laurence H Pearl / Oscar Llorca / 要旨: Recognition of DNA double-strand breaks during non-homologous end joining is carried out by the Ku70-Ku80 protein, a 150 kDa heterodimer that recruits the DNA repair kinase DNA-dependent protein ...Recognition of DNA double-strand breaks during non-homologous end joining is carried out by the Ku70-Ku80 protein, a 150 kDa heterodimer that recruits the DNA repair kinase DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs) to the lesion. The atomic structure of a truncated Ku70-Ku80 was determined; however, the subunit-specific carboxy-terminal domain of Ku80--essential for binding to DNA-PKcs--was determined only in isolation, and the C-terminal domain of Ku70 was not resolved in its DNA-bound conformation. Both regions are conserved and mediate protein-protein interactions specific to mammals. Here, we reconstruct the three-dimensional structure of the human full-length Ku70-Ku80 dimer at 25 A resolution, alone and in complex with DNA, by using single-particle electron microscopy. We map the C-terminal regions of both subunits, and their conformational changes after DNA and DNA-PKcs binding to define a molecular model of the functions of these domains during DNA repair in the context of full-length Ku70-Ku80 protein. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1271.map.gz | 606.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1271-v30.xml emd-1271.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1271.gif | 44 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1271 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1271 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Frontal view of the Ku+DNA volume at a thresold of 2.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bo...
全体 | 名称: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bound to DNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bo...
超分子 | 名称: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts bound to DNA タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: Heterodimer of Ku70 and Ku80 complexed bound to DNA Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 152 KDa |
-分子 #1: Ku70
分子 | 名称: Ku70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus |
分子量 | 実験値: 70 KDa |
配列 | GO: GO: 0005624 / InterPro: Ku70/Ku80 beta-barrel domain |
-分子 #2: Ku80
分子 | 名称: Ku80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus |
分子量 | 実験値: 82 KDa |
配列 | GO: 細胞核 / InterPro: Ku70/Ku80 beta-barrel domain |
-分子 #3: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 詳細: 54 bp blunt-ended dsDNA 5' biotinilated / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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配列 | 文字列: GGCCGCACGC GTCCACCATG GGGTACAACT ACGATCTAGC TTCATGCACC GGAC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.068 mg/mL |
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緩衝液 | 詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 10% glycerol, 1mM DTT, 5 mM EDTA, 0.5mM Mg2Cl, 100mM NaCl, 20mM KCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: A few microliters of the DNA-bound Ku complexes were adsorbed to glow discharged carbon coated grids and negatively stained using 1% uranyl acetate. |
グリッド | 詳細: 400 mesh Copper/Palladium grid |
凍結 | 凍結剤: NONE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1230 |
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電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.9 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 35 |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: correction with FFT and CCD camera |
詳細 | Microscope used: JEOL1230 |
日付 | 2005年4月20日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK 4489 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 詳細: Scanner: MINOLTA Dimage Scan Multi Pro scanner / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 8285 |
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詳細 | Purified Ku and a ~10- fold molar excess of DNA were incubated at room temperature for 20 minutes. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Situs |
詳細 | Protocol: Rigid Body. Fitting performed using Situs |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor |