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- PDB-9icd: CATALYTIC MECHANISM OF NADP+-DEPENDENT ISOCITRATE DEHYDROGENASE: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9icd
タイトルCATALYTIC MECHANISM OF NADP+-DEPENDENT ISOCITRATE DEHYDROGENASE: IMPLICATIONS FROM THE STRUCTURES OF MAGNESIUM-ISOCITRATE AND NADP+ COMPLEXES
要素ISOCITRATE DEHYDROGENASEイソクエン酸デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D))
機能・相同性
機能・相同性情報


イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / グリオキシル酸回路 / guanosine tetraphosphate binding / 電子伝達系 / クエン酸回路 / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Koshland Jr., D.E. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Catalytic mechanism of NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase: implications from the structures of magnesium-isocitrate and NADP+ complexes.
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Koshland Jr., D.E. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Regulation of an Enzyme by Phosphorylation at the Active Site
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Sohl, J.L. / Koshlandjunior, D.E. / Stroud, R.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Regulation of Isocitrate Dehydrogenase by Phosphorylation Involves No Long-Range Conformational Change in the Free Enzyme
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Thorsness, P.E. / Koshlandjunior, D.E. / Stroud, R.M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Regulation of an Enzyme by Phosphorylation at the Active Site
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Sohl, J.L. / Koshlandjunior, D.E. / Stroud, R.M.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989
タイトル: Structure of a Bacterial Enzyme Regulated by Phosphorylation, Isocitrate Dehydrogenase
著者: Hurley, J.H. / Thorsness, P.E. / Ramalingam, V. / Helmers, N.H. / Koshlandjunior, D.E. / Stroud, R.M.
履歴
登録1991年7月29日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5532
ポリマ－45,8101
非ポリマー7431
水1,820101
1
A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1064
ポリマ－91,6192
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.100, 105.100, 150.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 262 IS A CIS PROLINE. NOTE THAT IT IS IN A / 2: THE REGIONS 17 - 20 AND 258 - 262 ARE POORLY DEFINED.

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要素

#1: タンパク質 ISOCITRATE DEHYDROGENASE / イソクエン酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 45809.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08200, イソクエン酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE PORTION OF NADP+ CORRESPONDING TO NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE COULD NOT BE LOCATED IN ...THE PORTION OF NADP+ CORRESPONDING TO NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE COULD NOT BE LOCATED IN DIFFERENCE DENSITY AND, THEREFORE, HET GROUP *NAP* CONTAINS ONLY THE PORTION OF NADP+ CORRESPONDING TO ADENOSINE 2',5'-DIPHOSPHATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.84 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.4 / 手法: unknown
詳細: taken from Hurley, J.H. et al (1989). Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86, 8635-8639.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
128 mg/mlprotein11
234 %satammonium sulfate11
3100 mM11NaCl
435 mM11Na2HPO4
59 mMcitric acid11
60.2 mMdithiothreitol11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 29217 / % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Num. measured all: 141100

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.181 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 27 101 3275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.06
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 22342 / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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