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- PDB-8dxr: Structure of LRRC8C-LRRC8A(IL125) Chimera, Class 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dxr
タイトルStructure of LRRC8C-LRRC8A(IL125) Chimera, Class 5
要素Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / LRRC8C / LRRC8A / SWELL / VRAC / Chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / cellular response to osmotic stress / monoatomic anion transport ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / cellular response to osmotic stress / monoatomic anion transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / 精子形成 / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Takahashi, H. / Yamada, T. / Denton, J.S. / Strange, K. / Karakas, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK51610 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of an LRRC8 chimera with native functional properties reveal heptameric assembly.
著者: Hirohide Takahashi / Toshiki Yamada / Jerod S Denton / Kevin Strange / Erkan Karakas /
要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) mediate volume regulatory Cl and organic solute efflux from vertebrate cells. VRACs are heteromeric assemblies of LRRC8A-E proteins with unknown ...Volume-regulated anion channels (VRACs) mediate volume regulatory Cl and organic solute efflux from vertebrate cells. VRACs are heteromeric assemblies of LRRC8A-E proteins with unknown stoichiometries. Homomeric LRRC8A and LRRC8D channels have a small pore, hexameric structure. However, these channels are either non-functional or exhibit abnormal regulation and pharmacology, limiting their utility for structure-function analyses. We circumvented these limitations by developing novel homomeric LRRC8 chimeric channels with functional properties consistent with those of native VRAC/LRRC8 channels. We demonstrate here that the LRRC8C-LRRC8A(IL1) chimera comprising LRRC8C and 25 amino acids unique to the first intracellular loop (IL1) of LRRC8A has a heptameric structure like that of homologous pannexin channels. Unlike homomeric LRRC8A and LRRC8D channels, heptameric LRRC8C-LRRC8A(IL1) channels have a large-diameter pore similar to that estimated for native VRACs, exhibit normal DCPIB pharmacology, and have higher permeability to large organic anions. Lipid-like densities are located between LRRC8C-LRRC8A(IL1) subunits and occlude the channel pore. Our findings provide new insights into VRAC/LRRC8 channel structure and suggest that lipids may play important roles in channel gating and regulation.
履歴
登録2022年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
C: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
D: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
E: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
F: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
G: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)663,2347
ポリマ－663,2347
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, SEC and native-PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C,Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / / Factor for adipocyte differentiation 158 / Leucine-rich repeat-containing protein 8C / Leucine-rich ...Factor for adipocyte differentiation 158 / Leucine-rich repeat-containing protein 8C / Leucine-rich repeat-containing protein 8A / HsLRRC8A / Swelling protein 1


分子量: 94747.695 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: LRRC8C, AD158, FAD158, LRRC8A, KIAA1437, LRRC8, SWELL1, UNQ221/PRO247
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TDW0, UniProt: Q8IWT6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera / タイプ: COMPLEX / 詳細: Heptameric LRRC8C-LRRC8A(IL125) chimera. / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.15 MSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
20.05 MTris buffer pH 8.0Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
30.005 %LMNG detergentLMNG1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 3198

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 846122
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85591 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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