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万見
- PDB-7xo2: Minor polymorph in alpha-synuclein fibril seeded by cerebrospinal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xo2
タイトルMinor polymorph in alpha-synuclein fibril seeded by cerebrospinal fluid from a mid-to-late stage (mid-PD-4) Parkinson's disease patient
要素Alpha-synucleinΑ-シヌクレイン
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid fibril (アミロイド)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of glutathione peroxidase activity / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of phospholipase activity / negative regulation of monooxygenase activity / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of glutathione peroxidase activity / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / negative regulation of transporter activity / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / mitochondrial membrane organization / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of protein localization to cell periphery / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / regulation of norepinephrine uptake / dopamine biosynthetic process / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / synaptic vesicle priming / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of macrophage activation / regulation of locomotion / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / dynein complex binding / positive regulation of receptor recycling / regulation of dopamine secretion / positive regulation of endocytosis / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / response to type II interferon / cuprous ion binding / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / response to magnesium ion / kinesin binding / alpha-tubulin binding / regulation of presynapse assembly / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of serotonin uptake / localization / phospholipid metabolic process / supramolecular fiber organization / axon terminus / 封入体 / cellular response to copper ion / Hsp70 protein binding / cellular response to epinephrine stimulus / excitatory postsynaptic potential / response to interleukin-1 / adult locomotory behavior / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / fatty acid metabolic process / long-term synaptic potentiation / regulation of transmembrane transporter activity / ferrous iron binding / synapse organization / phospholipid binding / protein tetramerization / phosphoprotein binding / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of protein kinase activity / tau protein binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / マイクロフィラメント / cellular response to oxidative stress / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / actin binding / 細胞皮質 / 成長円錐 / histone binding / chemical synaptic transmission / postsynapse / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / amyloid fibril formation / response to lipopolysaccharide / リソソーム / molecular adaptor activity / oxidoreductase activity / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能
シヌクレイン / Α-シヌクレイン / シヌクレイン
類似検索 - ドメイン・相同性
Α-シヌクレイン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fan, Y. / Sun, Y.P. / Wang, J. / Liu, C.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170683 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82188101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872716 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82171421 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91949118 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81771372 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1932204 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Conformational change of α-synuclein fibrils in cerebrospinal fluid from different clinical phases of Parkinson's disease.
著者: Yun Fan / Yunpeng Sun / Wenbo Yu / Youqi Tao / Wencheng Xia / Yiqi Liu / Qinyue Zhao / Yilin Tang / Yimin Sun / Fengtao Liu / Qin Cao / Jianjun Wu / Cong Liu / Jian Wang / Dan Li /
要旨: α-Synuclein (α-syn) has been shown to form various conformational fibrils associated with different synucleinopathies. But whether the conformation of α-syn fibrils changes during disease ...α-Synuclein (α-syn) has been shown to form various conformational fibrils associated with different synucleinopathies. But whether the conformation of α-syn fibrils changes during disease progression is unclear. Here, we amplified α-syn aggregates from the cerebrospinal fluid (CSF) of patients with Parkinson's disease (PD) staged in preclinical PD (pre-PD), middle- to late-stage PD (mid-PD), and late-stage PD (late-PD). Our results show that α-syn fibrils derived from the late-PD patient are most potent in inducing endogenous α-syn aggregation in primary neurons, followed by the mid-PD and pre-PD fibrils. By using cryo-electron microscopy, we further determined the high-resolution structures of the CSF-amplified fibrils. The structures exhibit remarkable differences in a minor but significant population of conformational species in different staged samples. Our work demonstrates structural and pathological differences between α-syn fibrils derived from PD patients at a spectrum of clinical stages, which suggests potential conformational transition of α-syn fibrils during the progression of PD.
履歴
登録2022年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Alpha-synuclein
C: Alpha-synuclein
D: Alpha-synuclein
A: Alpha-synuclein
E: Alpha-synuclein
B: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8576
ポリマ－86,8576
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "I"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYLYSD1 - 62
d_21ens_1GLYLYSF1 - 62
d_31ens_1GLYLYSB1 - 62
d_41ens_1GLYLYSC1 - 62
d_51ens_1GLYLYSE1 - 62
d_61ens_1GLYLYSA1 - 62

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要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Α-シヌクレイン / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Minor polymorph in alpha-synuclein fibril seeded by cerebrospinal fluid from a mid-to-late stage (mid-PD-4) Parkinson's disease patient
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.34 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.42 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14416 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 44.61 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00122562
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.33223462
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0521456
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.001426
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.1663372
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.21637885579E-13
ens_1d_3DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.39233958722E-13
ens_1d_4DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.14064444144E-12
ens_1d_5DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.46089991089E-13
ens_1d_6DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.39630979719E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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