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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wam | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HaloTag complexed with VL1 | ||||||
要素 | Haloalkane dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / halotag / haloalkane dehalogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å | ||||||
データ登録者 | Pratyush, M. / Kang, M. / Lee, H. / Lee, C. / Rhee, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022 タイトル: A chemical tool for blue light-inducible proximity photo-crosslinking in live cells. 著者: Mishra, P.K. / Kang, M.G. / Lee, H. / Kim, S. / Choi, S. / Sharma, N. / Park, C.M. / Ko, J. / Lee, C. / Seo, J.K. / Rhee, H.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wam.cif.gz | 141.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wam.ent.gz | 107.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wam | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33716.398 Da / 分子数: 1 変異: S2A, L47V, S58T, D78G, Y87F, L88M, C128F, A155T, E160K, A167V, A172T, K175C, C176G, K195N, A224E, N227D, E257K, T264A, H272N, Y273L, P291S, A292T 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-8MH / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 5.3, and 1% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 54493 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.799 / Num. unique obs: 2634 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5Y2X 解像度: 1.49→27.802 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.11 Å2 / Biso mean: 21.5987 Å2 / Biso min: 8.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.49→27.802 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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