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万見
- PDB-7w11: glycosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w11
タイトルglycosyltransferase
要素Glycosyltransferaseグリコシルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ジギトキシゲニン / alpha-D-glucopyranose / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / グリコシルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Calotropis gigantea (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wei, H. / Feng, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Dissection of a Plant Steroid 3-O-Glycosyltransferase Facilitated the Engineering Enhancement of Sugar Donor Promiscuity
著者: Huang, W. / He, Y. / Jiang, R. / Deng, Z. / Long, F.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9114
ポリマ－53,9521
非ポリマー9593
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.753, 76.533, 63.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.194, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase / グリコシルトランスフェラーゼ / Plant steroid glycosyltransferase UGT74AN2


分子量: 53952.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Calotropis gigantea (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A385Z7H9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-DTX / DIGITOXIGENIN / 4-(3,14-DIHYDROXY-10,13-DIMETHYL-HEXADECAHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-17-YL)-5H-FURAN-2-ONE / ジギトキシゲニン / ジギトキシゲニン


分子量: 374.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 毒素*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, 0.1M sodium chloride, 0.1M MES (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→19.79 Å / Num. obs: 17505 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / Num. unique obs: 1953 / CC1/2: 0.728

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L8Z

6l8z


解像度: 2.45→19.79 Å / SU ML: 0.2899 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.2933
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 891 5.1 %
Rwork0.1928 16576 -
obs0.1955 17467 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 63 12 3385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9534718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9009484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.60.33371450.23262712X-RAY DIFFRACTION97.94
2.6-2.80.2841440.21672780X-RAY DIFFRACTION99.46
2.8-3.080.29631530.2232765X-RAY DIFFRACTION98.98
3.08-3.530.25751400.18972758X-RAY DIFFRACTION98.07
3.53-4.440.21911530.16592766X-RAY DIFFRACTION99.15
4.44-19.790.19241560.18422795X-RAY DIFFRACTION97.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.3690509217 Å / Origin y: -9.17708140688 Å / Origin z: -10.2572321991 Å
111213212223313233
T0.161006267565 Å2-0.0375578572622 Å20.00744634199191 Å2-0.13335918675 Å20.00931202755843 Å2--0.15756929289 Å2
L1.13933732119 °2-0.620794347683 °20.290709985371 °2-0.844624341122 °2-0.39585617897 °2--0.799613393582 °2
S-0.055782892162 Å °0.00882511610837 Å °0.0620172597668 Å °0.0476269807 Å °0.00551176286059 Å °-0.0418457577926 Å °-0.0504965040208 Å °0.0364297108781 Å °0.0518786040341 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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