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- PDB-7w0h: Deactive state CI from Q10 dataset, Subclass 2 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7w0h
タイトルDeactive state CI from Q10 dataset, Subclass 2
要素
  • (NADH dehydrogenase ...NADHデヒドロゲナーゼ) x 24
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein
  • Complex I subunit B13NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
  • Complex I-30kD
  • Complex I-49kD
  • Complex I-9kD
  • Complex I-AGGG
  • Complex I-B12
  • Complex I-B14.5a
  • Complex I-B16.6
  • Complex I-B17
  • Complex I-KFYI
  • Complex I-SGDH
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / mammalian (哺乳類) / mitochondrial (ミトコンドリア) / respiratory (呼吸器) / complex I (NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型))
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOG GTPase cycle / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / cardiac muscle tissue development / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly ...RHOG GTPase cycle / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / cardiac muscle tissue development / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / respirasome / 細胞呼吸 / reactive oxygen species metabolic process / respiratory electron transport chain / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / negative regulation of cell growth / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nervous system development / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / nuclear body / ミトコンドリアマトリックス / nuclear speck / 小胞体 / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 ...NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NDUFA6, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Deoxynucleoside kinase domain / デオキシヌクレオシドキナーゼ / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Complex 1 LYR protein domain / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / Complex 1 protein (LYR family) / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Q1 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / Chem-NDP / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PLX / 鉄・硫黄クラスター / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer ...Chem-8Q1 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / Chem-NDP / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PLX / 鉄・硫黄クラスター / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Gu, J.K. / Yang, M.J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504600 and 2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31625008 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030056, 21532004 and 31570733 and 31800620 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2022
タイトル: The coupling mechanism of mammalian mitochondrial complex I.
著者: Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Laixing Zhang / Maojun Yang /
要旨: Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in ...Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in mitochondria. In the present study, we report cryo-electron microscopy structures of CI from Sus scrofa in six treatment conditions at a resolution of 2.4-3.5 Å, in which CI structures of each condition can be classified into two biochemical classes (active or deactive), with a notably higher proportion of active CI particles. These structures illuminate how hydrophobic ubiquinone-10 (Q10) with its long isoprenoid tail is bound and reduced in a narrow Q chamber comprising four different Q10-binding sites. Structural comparisons of active CI structures from our decylubiquinone-NADH and rotenone-NADH datasets reveal that Q10 reduction at site 1 is not coupled to proton pumping in the membrane arm, which might instead be coupled to Q10 oxidation at site 2. Our data overturn the widely accepted previous proposal about the coupling mechanism of CI.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
G: Acyl carrier protein
H: Complex I subunit B13
I: Complex I-B14.5a
J: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
K: Complex I-9kD
L: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
N: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
P: Complex I-30kD
Q: Complex I-49kD
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
T: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
U: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
W: Complex I-B16.6
X: Acyl carrier protein
Y: Complex I-AGGG
Z: Complex I-B12
a: Complex I-SGDH
b: Complex I-B17
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
f: Complex I-KFYI
g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
i: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
j: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
k: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
l: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
m: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
r: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
s: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
u: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
v: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
w: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)979,30385
ポリマ-948,70345
非ポリマー30,60040
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
要素

+
NADH dehydrogenase ... , 24種, 24分子 ABCEFJLNOSTUVcdeghnopuvw

#1: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 47265.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: F1RVN1, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit / Complex I-23kD


分子量: 20207.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BDC0
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit / Complex I-20kD


分子量: 17874.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LK43
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6


分子量: 13812.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480VKQ8
#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 9841.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RGE3
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial


分子量: 38840.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480QJC4
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 14442.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: G8IFA6
#13: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 17031.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SQP4
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 23826.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BG40
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 8088.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GR43
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 10567.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S031
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit / Complex I-B9


分子量: 9094.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VQ42
#20: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7 / Complex I-B14.7


分子量: 14555.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM4
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18608.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWL7
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit / Complex I-PDSW


分子量: 20813.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYV0
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial


分子量: 12635.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14196.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JRW3
#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit / Complex I-15 kDa


分子量: 12375.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SV23
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit / Complex I-MNLL


分子量: 6781.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SD73
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit / Complex I-B15


分子量: 14986.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1T6M0
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit / Complex I-B22


分子量: 21733.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1T0A8
#42: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit / Complex I-19kD


分子量: 19932.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SLR1
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 15176.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SCH1
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 36792.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SIS9

-
タンパク質 , 11種, 12分子 GXHIMPQWYZab

#6: タンパク質 Acyl carrier protein /


分子量: 10133.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: D0G781
#7: タンパク質 Complex I subunit B13 / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / Complex I-13kD-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH-ubiquinone ...Complex I-13kD-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 12949.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2RN85
#8: タンパク質 Complex I-B14.5a / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12517.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VLA2
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial


分子量: 75770.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SHD7
#15: タンパク質 Complex I-30kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 24521.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNN4
#16: タンパク質 Complex I-49kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 49234.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JYS1
#21: タンパク質 Complex I-B16.6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16709.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S6Q1
#22: タンパク質 Complex I-AGGG / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 8430.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1V766
#23: タンパク質 Complex I-B12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 9504.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AS93
#24: タンパク質 Complex I-SGDH / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 16477.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC6
#25: タンパク質 Complex I-B17 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15333.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN80

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Kf

#10: タンパク質・ペプチド Complex I-9kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 5046.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TFI3
#29: タンパク質・ペプチド Complex I-KFYI / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 4945.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A1XQS6

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmrs

#32: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39077.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79875, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#33: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 12798.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79880, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#34: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10827.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: P56632, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#35: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 68267.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: Q71K68, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#36: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19021.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79882, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#40: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 51853.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: Q7IIB7, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#41: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35667.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79874, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)

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非ポリマー , 12種, 40分子

#45: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#46: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#47: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 744.034 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C41H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#48: 化合物
ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C42H89NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#49: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C23H45N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#50: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#51: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#52: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#53: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#54: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#55: 化合物 ChemComp-UQ / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#56: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratory complex INADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#42, #44 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94040 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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