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万見
- PDB-7v1r: Leifsonia Alcohol Dehydrogenases LnADH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v1r
タイトルLeifsonia Alcohol Dehydrogenases LnADH
要素Alcohol Dehydrogenasesアルコールデヒドロゲナーゼ
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Alcohol / Dehydrogenases (脱水素酵素)
機能・相同性2-プロパノール / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Leifsonia antarctica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Song, Y. / Qu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970054 中国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Engineering Leifsonia Alcohol Dehydrogenase for Thermostability and Catalytic Efficiency by Enhancing Subunit Interactions.
著者: Zhu, L. / Song, Y. / Chang, C. / Ma, H. / Yang, L. / Deng, Z. / Deng, W. / Qu, X.
履歴
登録2021年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol Dehydrogenases
B: Alcohol Dehydrogenases
C: Alcohol Dehydrogenases
D: Alcohol Dehydrogenases
E: Alcohol Dehydrogenases
F: Alcohol Dehydrogenases
G: Alcohol Dehydrogenases
H: Alcohol Dehydrogenases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,20842
ポリマ－201,2438
非ポリマー6,96634
水55831
1
A: Alcohol Dehydrogenases
B: Alcohol Dehydrogenases
D: Alcohol Dehydrogenases
E: Alcohol Dehydrogenases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,17022
ポリマ－100,6214
非ポリマー3,54818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19990 Å2
ΔGint-295 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
2
C: Alcohol Dehydrogenases
F: Alcohol Dehydrogenases
G: Alcohol Dehydrogenases
H: Alcohol Dehydrogenases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,03920
ポリマ－100,6214
非ポリマー3,41716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20010 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area28620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.944, 237.485, 68.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Alcohol Dehydrogenases / アルコールデヒドロゲナーゼ


分子量: 25155.346 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leifsonia antarctica (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium acetate/Acetic acid, pH 7.0, 0.2M Zinc acetate, 20% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 38243 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.498 / Num. unique obs: 1927

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7v1q

7v1q


解像度: 2.81→49.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.534 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2949 1921 5 %RANDOM
Rwork0.2461 ---
obs0.2486 36281 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.41 Å2 / Biso mean: 29.905 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å20 Å2-0.33 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13927 0 402 31 14360
Biso mean--30.46 18.76 -
残基数----2007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01314606
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0380.01713502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.61919980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4751.56430963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.33152007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30523.409569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.809151924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2691556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.22015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022901
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.879 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 138 -
Rwork0.307 2259 -
obs--82.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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