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- PDB-7v1m: Structural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v1m
タイトルStructural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b
要素
  • Histone H3.3H3F3A
  • Histone H4ヒストンH4
  • Histone chaperone ASF1B
  • Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


histone chaperone activity / blastocyst hatching / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends ...histone chaperone activity / blastocyst hatching / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / SUMOylation of chromatin organization proteins / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / ヌクレオソーム / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / 精子形成 / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / 細胞分化 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / クロマチン / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor ...Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein / ヒストンH4 / Histone H3.3 / Histone chaperone ASF1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.834 Å
データ登録者Bao, H. / Huang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFC1004500 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2022
タイトル: NASP maintains histone H3-H4 homeostasis through two distinct H3 binding modes.
著者: Bao, H. / Carraro, M. / Flury, V. / Liu, Y. / Luo, M. / Chen, L. / Groth, A. / Huang, H.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Histone H3.3
C: Histone H4
D: Histone chaperone ASF1B
A: Histone H3.3
E: Histone H4
F: Histone chaperone ASF1B
G: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
H: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,9698
ポリマ-141,9698
非ポリマー00
0
1
B: Histone H3.3
C: Histone H4
D: Histone chaperone ASF1B
H: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9854
ポリマ-70,9854
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Histone H3.3
E: Histone H4
F: Histone chaperone ASF1B
G: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9854
ポリマ-70,9854
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.951, 71.896, 93.427
Angle α, β, γ (deg.)70.670, 70.640, 83.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Histone H3.3 / H3F3A


分子量: 15229.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3-3A, H3.3A, H3F3, H3F3A, PP781, H3-3B, H3.3B, H3F3B
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P84243
#2: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P62805
#3: タンパク質 Histone chaperone ASF1B / Anti-silencing function protein 1 homolog B / hAsf1 / hAsf1b / CCG1-interacting factor A-II / CIA-II / hCIA-II


分子量: 17915.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1B
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NVP2
#4: タンパク質 Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein / NASP


分子量: 26576.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence is amino acids 30 to 323 from sp P49321-2(NASP_HUMAN Isoform 2) with a deletion of amino acids 101-159.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NASP
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P49321-2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.834→40 Å / Num. obs: 37598 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.591 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.953.30.75235630.6060.4710.890.44791.3
2.95-3.073.50.57237490.760.3480.6710.45495
3.07-3.213.70.44938420.8580.2670.5230.4798
3.21-3.383.70.2938130.9350.1720.3380.47197.1
3.38-3.593.60.18638540.9670.1110.2170.51696.7
3.59-3.873.50.1336690.980.080.1530.56394.1
3.87-4.263.70.09138190.990.0540.1060.60196.4
4.26-4.873.70.07438140.9910.0440.0860.72797.7
4.87-6.133.60.06836890.9920.0410.080.71193.7
6.13-403.70.05837860.9930.0350.0680.9196.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V1L, 5BNX
解像度: 2.834→35.588 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 140.87 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 1921 5.11 %
Rwork0.2023 35756 -
obs0.2097 37598 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.78 Å2 / Biso mean: 75.1489 Å2 / Biso min: 29.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.834→35.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7966 0 0 0 7966
残基数----1022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24510950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.4262976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8347-2.91130.4371520.3382402255479
2.9113-2.99690.35771620.32072661282387
2.9969-3.09350.29731410.28042810295193
3.0935-3.2040.27061300.2662836296693
3.204-3.33210.31641540.24632813296792
3.3321-3.48360.26081400.22242808294892
3.4836-3.6670.22331300.19762775290592
3.667-3.89640.23341050.20042699280488
3.8964-4.19660.25761500.1832851300193
4.1966-4.61780.20151440.17092811295593
4.6178-5.28330.23451630.17452733289690
5.2833-6.64630.22811340.21842776291090
6.6463-31.67870.2241270.19532781290891
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.1194 Å / Origin y: -51.2494 Å / Origin z: -34.843 Å
111213212223313233
T0.4459 Å20.1633 Å20.1456 Å2-0.4103 Å20.1116 Å2--0.4745 Å2
L0.0068 °20.1713 °2-0.342 °2--0.056 °2-0.2925 °2--0.9952 °2
S0.0201 Å °0.0062 Å °-0.0326 Å °0.0257 Å °0.0076 Å °0.0123 Å °-0.1161 Å °-0.0445 Å °0.0097 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB49 - 134
2X-RAY DIFFRACTION1allC22 - 101
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 154
4X-RAY DIFFRACTION1allA60 - 134
5X-RAY DIFFRACTION1allE24 - 101
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 154
7X-RAY DIFFRACTION1allG40 - 320
8X-RAY DIFFRACTION1allH38 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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