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- PDB-7sq2: Reprocessed and refined structure of Phospholipase C-beta and Gq ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sq2
タイトルReprocessed and refined structure of Phospholipase C-beta and Gq signaling complex
要素
  • 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
  • Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / G-protein signaling Phopholipase-C Hydrolase Guanine nucleotide-binding protein G(q) alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events / forebrain neuron development / regulation of melanocyte differentiation / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G-protein activation / phosphoinositide phospholipase C ...Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events / forebrain neuron development / regulation of melanocyte differentiation / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G-protein activation / phosphoinositide phospholipase C / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / G alpha (q) signalling events / endothelin receptor signaling pathway / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / developmental pigmentation / phosphatidylinositol metabolic process / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / cranial skeletal system development / regulation of platelet activation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / regulation of systemic arterial blood pressure / maternal behavior / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phospholipase C activity / glutamate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / regulation of canonical Wnt signaling pathway / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / postsynaptic cytosol / 活動電位 / neuron remodeling / embryonic digit morphogenesis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / ligand-gated ion channel signaling pathway / negative regulation of potassium ion transport / enzyme regulator activity / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / GTPase activator activity / post-embryonic development / G protein activity / skeletal system development / molecular function activator activity / G protein-coupled receptor binding / カベオラ / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / 血圧 / heterotrimeric G-protein complex / cell body / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart development / G alpha (q) signalling events / 核膜 / protein stabilization / molecular adaptor activity / calmodulin binding / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / 樹状突起 / シナプス / calcium ion binding / protein-containing complex binding / GTP binding / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / protein-containing complex / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / PH domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / G-protein alpha subunit, group Q / Phosphoinositide phospholipase C family ...Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / PH domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / G-protein alpha subunit, group Q / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Endo-Streeter, S.T. / Sondek, J. / Harden, T.K.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM38213 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM57391 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM61454 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM074001 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY010582 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Kinetic Scaffolding Mediated by a Phospholipase C-{beta} and Gq Signaling Complex
著者: Endo-Streeter, S.T. / Sondek, J. / Harden, T.K.
履歴
登録2021年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年11月17日ID: 3OHM
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
B: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,17014
ポリマ－138,1222
非ポリマー1,04812
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area47110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.837, 90.817, 93.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein alpha-q


分子量: 38256.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnaq
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21279
#2: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3 / Phosphoinositide phospholipase C-beta-3 / Phospholipase C-beta-3 / PLC-beta-3


分子量: 99865.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLCB3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01970, phosphoinositide phospholipase C

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非ポリマー , 6種, 227分子

#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 7% PEG 6000, 100 mM Hepes, 1 mM CaCl2, 100 mM magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagittally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40.55 Å / Num. obs: 48454 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.905 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.804 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 2555 / CC1/2: 0.905 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.304 / Rrim(I) all: 0.723 / Χ2: 0.957 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OHM

3ohm
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→40.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 29.23 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26334 2571 5 %RANDOM
Rwork0.19924 ---
obs0.20247 48454 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20.51 Å2
2--5.24 Å2-0 Å2
3----6.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→40.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8678 0 64 215 8957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0138920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0178322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.65612069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9591.57619316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.43451068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.07822.008503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.139151590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3191570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0340.029875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.021907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9793.7994291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9383.7884283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0545.6785348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0545.6785349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9594.2394629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.964.244630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.3586.1846722
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.74145.289963
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.74145.299964
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 203 -
Rwork0.274 3414 -
obs--95.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17490.5215-0.08121.55980.4333.2123-0.0331-0.13990.24020.14640.1612-0.00930.45630.5576-0.12810.7130.2249-0.52470.1395-0.14220.416910.727-4.54547.517
21.4566-0.2908-0.30390.8371-0.06183.60490.0751-0.03310.3093-0.2237-0.00260.0532-0.31060.4991-0.07250.62670.0189-0.48810.1446-0.11570.53926.68810.15713.269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 353
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 880

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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