+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sgd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Lassa virus glycoprotein construct(Josiah GPCysR4) recovered from GPC-I53-50 nanoparticle by localized reconstruction | ||||||
要素 | Josiah GPCysR4 I53-50A | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / glycoprotein (糖タンパク質) / Lassa / Josiah (ヨシヤ) / vaccine design (ワクチン) / nanoparticle (ナノ粒子) / protein design (タンパク質設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lassa mammarenavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å | ||||||
データ登録者 | Antanasijevic, A. / Brouwer, P.J.M. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022 タイトル: Lassa virus glycoprotein nanoparticles elicit neutralizing antibody responses and protection. 著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C ...著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C Umotoy / Angela I Schriek / Judith A Burger / Khadija Tejjani / Nicole M Lloyd / Thijs H Steijaert / Marlies M van Haaren / Kwinten Sliepen / Steven W de Taeye / Marit J van Gils / Max Crispin / Thomas Strecker / Alexander Bukreyev / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / 要旨: The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of ...The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of soluble Lassa virus glycoprotein complex (GPC) trimers, which disassemble into monomeric subunits after expression. Here, we use two-component protein nanoparticles consisting of trimeric and pentameric subunits to stabilize GPC in a trimeric conformation. These GPC nanoparticles present twenty prefusion GPC trimers on the surface of an icosahedral particle. Cryo-EM studies of GPC nanoparticles demonstrated a well-ordered structure and yielded a high-resolution structure of an unliganded GPC. These nanoparticles induced potent humoral immune responses in rabbits and protective immunity against the lethal Lassa virus challenge in guinea pigs. Additionally, we isolated a neutralizing antibody that mapped to the putative receptor-binding site, revealing a previously undefined site of vulnerability. Collectively, these findings offer potential approaches to vaccine and therapeutic design for the Lassa virus. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sgd.cif.gz | 267.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7sgd.ent.gz | 202 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sgd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgd | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 25107MC 7sgeC 7sgfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 AaBbCc
#1: タンパク質 | 分子量: 73845.570 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa mammarenavirus (ウイルス) / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GWS0 |
---|
-糖 , 5種, 33分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lassa virus glycoprotein construct(Josiah GPCysR4) recovered from GPC-I53-50 nanoparticle タイプ: COMPLEX 詳細: Josiah GPCysR4 is a trimeric complex consisting of 3 copies of the head domain and 3 copies of the stem domain. Nanoparticle was assembled by combining equimolar amounts of GPC-I53-50A and I53-50B. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: TBS | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Lassa virus glycoprotein construct(Josiah GPCysR4) recovered from GPC-I53-50 nanoparticle by localized reconstruction. Nanoparticle was assembled by combining equimolar amounts of GPC-I53-50A and I53-50B. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blot time 4s, Wait time 10s, Blot force 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10.5 sec. / 電子線照射量: 50.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 42 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1728229 詳細: This is the number of GPCysR4 trimer subparticles extracted from the GPC-I53-50 nanoparticle by localized reconstruction: 86,411 nanoparticles X 20 = 1728229. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124891 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: C3 symmetry used for refinement. Solvent mask applied. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5VK2 |