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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qbz | ||||||
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タイトル | Crystal structure Cadmium translocating P-type ATPase | ||||||
要素 | Cadmium translocating P-type ATPase | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / P-type ATPase PIB-ATPase transporter exporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfitobacter sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Groenberg, C. / Hu, Q. / Wang, K. / Gourdon, P. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Structure and ion-release mechanism of P IB-4 -type ATPases. 著者: Gronberg, C. / Hu, Q. / Mahato, D.R. / Longhin, E. / Salustros, N. / Duelli, A. / Lyu, P. / Bagenholm, V. / Eriksson, J. / Rao, K.U. / Henderson, D.I. / Meloni, G. / Andersson, M. / Croll, T. ...著者: Gronberg, C. / Hu, Q. / Mahato, D.R. / Longhin, E. / Salustros, N. / Duelli, A. / Lyu, P. / Bagenholm, V. / Eriksson, J. / Rao, K.U. / Henderson, D.I. / Meloni, G. / Andersson, M. / Croll, T. / Godaly, G. / Wang, K. / Gourdon, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qbz.cif.gz | 300.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qbz.ent.gz | 205.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qbz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qbz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qc0C 4umwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71654.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfitobacter sp. (strain NAS-14.1) (バクテリア) 株: NAS-14.1 / 遺伝子: NAS141_02821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A3T2G5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ALF / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.26 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 200 mM MgCl2, 14 % (v/v) PEG1500, 10 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 10 % (v/v) glycerol, 3 % 2-Methyl-2,4-pentanediol and 100 mM sodium acetate, pH=5.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→45.6 Å / Num. obs: 17447 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 107.68 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.37 Å / Num. unique obs: 1715 / CC1/2: 0.37 / % possible all: 99.88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4UMW 解像度: 3.25→45.57 Å / SU ML: 0.5011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.792 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→45.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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