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- PDB-7phq: Structure of homo-dimeric Staphylococcus capitis divalent metal i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7phq
タイトルStructure of homo-dimeric Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT) by NabFab-fiducial assisted cryo-EM
要素
  • Anti-Fab nanobody
  • DMT-Nb16_4
  • Divalent metal cation transporter MntH
  • NabFab HC
  • NabFab LC
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / NabFab / Anti-nanobody Fab / Fiducial / DMT
機能・相同性NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / metal ion transmembrane transporter activity / symporter activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / 細胞膜 / Divalent metal cation transporter MntH
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
Staphylococcus capitis (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.45 Å
データ登録者Bloch, J.S. / Mukherjee, S. / Kowal, J. / Kossiakoff, A.A. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号
Swiss National Science Foundation スイス
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2021
タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins.
著者: Joël S Bloch / Somnath Mukherjee / Julia Kowal / Ekaterina V Filippova / Martina Niederer / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
要旨: With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that ...With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that specifically and tightly bind these nanobodies without disturbing the nanobody-target protein interaction. Here, we describe the development of a synthetic Fab (termed NabFab) that binds the scaffold of an alpaca-derived nanobody with picomolar affinity. We demonstrate that upon complementary-determining region grafting onto this parent nanobody scaffold, nanobodies recognizing diverse target proteins and derived from llama or camel can cross-react with NabFab without loss of affinity. Using NabFab as a fiducial and size enhancer (50 kDa), we determined the high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of nanobody-bound VcNorM and ScaDMT, both small membrane proteins of ∼50 kDa. Using an additional anti-Fab nanobody further facilitated reliable initial three-dimensional structure determination from small cryo-EM test datasets. Given that NabFab is of synthetic origin, is humanized, and can be conveniently expressed in in large amounts, it may be useful not only for structural biology but also for biomedical applications.
#1: ジャーナル: Biorxiv / : 2021
タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins
著者: Bloch, J.S. / Mukherjee, S. / Kowal, J. / Filippova, E.V. / Niederer, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kossiakoff, A.A. / Locher, K.P.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-13426
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13426
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: NabFab HC
L: NabFab LC
B: Divalent metal cation transporter MntH
N: DMT-Nb16_4
K: Anti-Fab nanobody
A: NabFab HC
C: NabFab LC
D: Divalent metal cation transporter MntH
E: DMT-Nb16_4
F: Anti-Fab nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,48210
ポリマ-247,48210
非ポリマー00
57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area16520 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area96270 Å2

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要素

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抗体 , 4種, 8分子 HALCNEKF

#1: 抗体 NabFab HC


分子量: 25684.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 NabFab LC


分子量: 23258.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 DMT-Nb16_4


分子量: 14352.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体 Anti-Fab nanobody


分子量: 13390.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 34分子 BD

#3: タンパク質 Divalent metal cation transporter MntH


分子量: 47054.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus capitis (バクテリア)
遺伝子: mntH, NCTC11045_01736 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9TNH6
#6: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Staphylococcus capitis divalent metal ion transporter (DMT), chimeric nanobody DMTNb16_4, NabFab, and anti-Fab nanobody
タイプ: COMPLEX / 詳細: Rigid body docked structure / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 26 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 8.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34100 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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