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- PDB-7ol8: Crystal structure of Lysozyme in complex with trifluoroethanol: o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ol8
タイトルCrystal structure of Lysozyme in complex with trifluoroethanol: orthorhombic form
要素Lysozymeリゾチーム
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / TFE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROETHANOL / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Camara-Artigas, A. / Salinas-Garcia, M.C. / Plaza-Garrido, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78020-R スペイン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Lysozyme in complex with TFE
著者: Camara-Artigas, A. / Salinas-Garcia, M.C. / Plaza-Garrido, M.
履歴
登録2021年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6635
ポリマ－14,3311
非ポリマー3324
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.981, 54.867, 65.434
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme / リゾチーム


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム
#2: 化合物 ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル / 2,2,2-トリフルオロエタノール


分子量: 100.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.3M NaCl, 0.1M MES, 10mM NaH2PO4 plus 20% TFE in the reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976256 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976256 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→19.34 Å / Num. obs: 39025 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 13.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.15-1.173.50.671641318230.6590.3970.785296.4
6.3-19.345.10.04214602840.9980.0190.04736.496.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F1O

6f1o


解像度: 1.15→19.34 Å / SU ML: 0.0979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 18.4765
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1823 3596 4.92 %
Rwork0.1545 69421 -
obs0.1559 39025 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数983 0 18 153 1154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01031050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.011428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0778147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0106187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5534374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.170.26921400.26022398X-RAY DIFFRACTION89.9
1.17-1.180.27091650.24482593X-RAY DIFFRACTION96.77
1.18-1.20.21431770.21782700X-RAY DIFFRACTION98.97
1.2-1.220.26361250.20722653X-RAY DIFFRACTION99.39
1.22-1.230.25321150.19742691X-RAY DIFFRACTION99.29
1.23-1.260.21961180.18932767X-RAY DIFFRACTION99.14
1.26-1.280.22051420.18612648X-RAY DIFFRACTION99.25
1.28-1.30.20241560.16672675X-RAY DIFFRACTION99.02
1.3-1.320.21751310.15772662X-RAY DIFFRACTION98.94
1.32-1.350.17791320.16272728X-RAY DIFFRACTION99.06
1.35-1.380.16531580.14682659X-RAY DIFFRACTION99.51
1.38-1.410.20081090.1432728X-RAY DIFFRACTION98.92
1.41-1.450.17541280.14262689X-RAY DIFFRACTION99.12
1.45-1.490.21761210.13962709X-RAY DIFFRACTION98.99
1.49-1.530.16771280.1332684X-RAY DIFFRACTION98.98
1.53-1.580.18331430.13482688X-RAY DIFFRACTION99.12
1.58-1.640.14221320.13112680X-RAY DIFFRACTION99.01
1.64-1.70.16581520.12882664X-RAY DIFFRACTION99.19
1.7-1.780.19621490.13832682X-RAY DIFFRACTION99.12
1.78-1.870.16251440.1442687X-RAY DIFFRACTION98.92
1.87-1.990.15691670.14332650X-RAY DIFFRACTION98.46
1.99-2.150.17681470.13822667X-RAY DIFFRACTION98.98
2.15-2.360.17481390.13352664X-RAY DIFFRACTION99.26
2.36-2.70.21521350.15692672X-RAY DIFFRACTION98.11
2.7-3.40.12131330.17182681X-RAY DIFFRACTION98.77
3.4-19.340.21731100.15922702X-RAY DIFFRACTION98.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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