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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oa6 | ||||||
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タイトル | Pseudo-atomic model for Hsp26 residues 63 to 214. Please be advised that the target map is not of sufficient resolution to unambiguously position backbone or side chain atoms. This model represents a likely fit. | ||||||
要素 | Heat shock protein 26Heat shock response | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / small heat shock proteins / Hsp26 S207E mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic stress granule / unfolded protein binding / フォールディング / cellular response to heat / mRNA binding / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | ||||||
データ登録者 | Muehlhofer, M. / Peters, C. / Kriehuber, T. / Kreuzeder, M. / Kazman, P. / Rodina, N. / Reif, B. / Haslbeck, M. / Weinkauf, S. / Buchner, J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Phosphorylation activates the yeast small heat shock protein Hsp26 by weakening domain contacts in the oligomer ensemble. 著者: Moritz Mühlhofer / Carsten Peters / Thomas Kriehuber / Marina Kreuzeder / Pamina Kazman / Natalia Rodina / Bernd Reif / Martin Haslbeck / Sevil Weinkauf / Johannes Buchner / 要旨: Hsp26 is a small heat shock protein (sHsp) from S. cerevisiae. Its chaperone activity is activated by oligomer dissociation at heat shock temperatures. Hsp26 contains 9 phosphorylation sites in ...Hsp26 is a small heat shock protein (sHsp) from S. cerevisiae. Its chaperone activity is activated by oligomer dissociation at heat shock temperatures. Hsp26 contains 9 phosphorylation sites in different structural elements. Our analysis of phospho-mimetic mutations shows that phosphorylation activates Hsp26 at permissive temperatures. The cryo-EM structure of the Hsp26 40mer revealed contacts between the conserved core domain of Hsp26 and the so-called thermosensor domain in the N-terminal part of the protein, which are targeted by phosphorylation. Furthermore, several phosphorylation sites in the C-terminal extension, which link subunits within the oligomer, are sensitive to the introduction of negative charges. In all cases, the intrinsic inhibition of chaperone activity is relieved and the N-terminal domain becomes accessible for substrate protein binding. The weakening of domain interactions within and between subunits by phosphorylation to activate the chaperone activity in response to proteotoxic stresses independent of heat stress could be a general regulation principle of sHsps. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oa6.cif.gz | 111.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oa6.ent.gz | 85.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oa6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23910.586 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HSP26, YBR072W, YBR0714 / プラスミド: pQE60::HSP26 / 発現宿主: Escherichia coli HB101 (大腸菌) / 参照: UniProt: P15992 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Top two rings (16 subunits) of a 40mer complex of Hsp26 mutant S207E. (use 0.487 as threshold to visualise) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.382 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / プラスミド: pQE60::HSP26 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 5010 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 688419 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 375385 / 詳細: sharpened map / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: Homology model generated with ITASSER with 1GME as template. Fitted with Chimera and flexibly fitted with NAMD. Residues 63 to 214 present in the model. |