PDB-7o49: Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Sta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o49

タイトル

Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Staphylococcus aureus

要素

Penicillin-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Cell division (細胞分裂) /

antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) /

peptidoglycan synthesis (ペプチドグリカン) / transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.03 Å

データ登録者

Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Integrative structural biology of the penicillin-binding protein-1 from Staphylococcus aureus , an essential component of the divisome machinery.
著者: Martinez-Caballero, S. / Mahasenan, K.V. / Kim, C. / Molina, R. / Feltzer, R. / Lee, M. / Bouley, R. / Hesek, D. / Fisher, J.F. / Munoz, I.G. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2021年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o49.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o49.ent.gz	985.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o4aC 7o4bC 7o4cC 7ok9C 5troS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ok9-7 7ok9-5 7o49-5 7ok9-10 7o49-9 7o49-10 7ok9-9 7o49-6 7ok9-3 7ok9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1

B: Penicillin-binding protein 1

C: Penicillin-binding protein 1

D: Penicillin-binding protein 1

E: Penicillin-binding protein 1

F: Penicillin-binding protein 1

G: Penicillin-binding protein 1

H: Penicillin-binding protein 1

I: Penicillin-binding protein 1

J: Penicillin-binding protein 1

K: Penicillin-binding protein 1

L: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

872 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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3

C: Penicillin-binding protein 1

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4

D: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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5

E: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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6

F: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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7

G: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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8

H: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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9

I: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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10

J: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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72.7 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

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72.4 kDa, 1 ポリマー
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12

L: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	311.862, 197.148, 221.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	SER	SER	A	A	64 - 590	1 - 527
2	1	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
1	2	MET	MET	GLY	GLY	A	A	64 - 588	1 - 525
2	2	MET	MET	GLY	GLY	C	C	64 - 588	1 - 525
1	3	MET	MET	GLY	GLY	A	A	64 - 588	1 - 525
2	3	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
1	4	MET	MET	SER	SER	A	A	64 - 590	1 - 527
2	4	MET	MET	SER	SER	E	E	64 - 590	1 - 527
1	5	MET	MET	LYS	LYS	A	A	64 - 591	1 - 528
2	5	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 591	1 - 528
1	6	MET	MET	GLY	GLY	A	A	64 - 588	1 - 525
2	6	MET	MET	GLY	GLY	G	G	64 - 588	1 - 525
1	7	THR	THR	LYS	LYS	A	A	109 - 589	46 - 526
2	7	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	8	MET	MET	GLY	GLY	A	A	64 - 588	1 - 525
2	8	MET	MET	GLY	GLY	I	I	64 - 588	1 - 525
1	9	MET	MET	SER	SER	A	A	64 - 590	1 - 527
2	9	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	10	MET	MET	LYS	LYS	A	A	64 - 589	1 - 526
2	10	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	11	MET	MET	VAL	VAL	A	A	64 - 587	1 - 524
2	11	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	12	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	12	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
1	13	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	13	MET	MET	LYS	LYS	D	D	64 - 589	1 - 526
1	14	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
2	14	MET	MET	SER	SER	E	E	64 - 590	1 - 527
1	15	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	15	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 589	1 - 526
1	16	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	16	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
1	17	THR	THR	LYS	LYS	B	B	109 - 589	46 - 526
2	17	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	18	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	18	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	19	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
2	19	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	20	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	20	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	21	MET	MET	ASN	ASN	B	B	64 - 586	1 - 523
2	21	MET	MET	ASN	ASN	L	L	64 - 586	1 - 523
1	22	MET	MET	GLY	GLY	C	C	64 - 588	1 - 525
2	22	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
1	23	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	23	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 589	1 - 526
1	24	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	24	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 589	1 - 526
1	25	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	25	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
1	26	THR	THR	GLY	GLY	C	C	109 - 588	46 - 525
2	26	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
1	27	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	27	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	28	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	28	MET	MET	LYS	LYS	J	J	64 - 589	1 - 526
1	29	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	29	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	30	MET	MET	VAL	VAL	C	C	64 - 587	1 - 524
2	30	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	31	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	31	MET	MET	GLY	GLY	E	E	64 - 588	1 - 525
1	32	MET	MET	LYS	LYS	D	D	64 - 589	1 - 526
2	32	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 589	1 - 526
1	33	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	33	MET	MET	GLY	GLY	G	G	64 - 588	1 - 525
1	34	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	34	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
1	35	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	35	MET	MET	GLY	GLY	I	I	64 - 588	1 - 525
1	36	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	36	MET	MET	GLY	GLY	J	J	64 - 588	1 - 525
1	37	MET	MET	LYS	LYS	D	D	64 - 589	1 - 526
2	37	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	38	MET	MET	VAL	VAL	D	D	64 - 587	1 - 524
2	38	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	39	MET	MET	SER	SER	E	E	64 - 590	1 - 527
2	39	MET	MET	SER	SER	F	F	64 - 590	1 - 527
1	40	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 589	1 - 526
2	40	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
1	41	THR	THR	LYS	LYS	E	E	109 - 589	46 - 526
2	41	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	42	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 589	1 - 526
2	42	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	43	MET	MET	SER	SER	E	E	64 - 590	1 - 527
2	43	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	44	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 589	1 - 526
2	44	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	45	MET	MET	VAL	VAL	E	E	64 - 587	1 - 524
2	45	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	46	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 589	1 - 526
2	46	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
1	47	THR	THR	LYS	LYS	F	F	109 - 589	46 - 526
2	47	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	48	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 589	1 - 526
2	48	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	49	MET	MET	SER	SER	F	F	64 - 590	1 - 527
2	49	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	50	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 589	1 - 526
2	50	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	51	MET	MET	ASN	ASN	F	F	64 - 586	1 - 523
2	51	MET	MET	ASN	ASN	L	L	64 - 586	1 - 523
1	52	THR	THR	GLY	GLY	G	G	109 - 588	46 - 525
2	52	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
1	53	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
2	53	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	54	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
2	54	MET	MET	LYS	LYS	J	J	64 - 589	1 - 526
1	55	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
2	55	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	56	MET	MET	VAL	VAL	G	G	64 - 587	1 - 524
2	56	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	57	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
2	57	THR	THR	GLY	GLY	I	I	109 - 588	46 - 525
1	58	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
2	58	THR	THR	LYS	LYS	J	J	109 - 589	46 - 526
1	59	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
2	59	MET	MET	GLY	GLY	K	K	64 - 588	1 - 525
1	60	MET	MET	ASN	ASN	H	H	64 - 586	1 - 523
2	60	MET	MET	ASN	ASN	L	L	64 - 586	1 - 523
1	61	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
2	61	MET	MET	LYS	LYS	J	J	64 - 589	1 - 526
1	62	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
2	62	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	63	MET	MET	VAL	VAL	I	I	64 - 587	1 - 524
2	63	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	64	MET	MET	LYS	LYS	J	J	64 - 589	1 - 526
2	64	MET	MET	LYS	LYS	K	K	64 - 589	1 - 526
1	65	MET	MET	VAL	VAL	J	J	64 - 587	1 - 524
2	65	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	66	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
2	66	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1 分子量: 72358.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: pbp1, SACOL1194 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WVW5
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.64 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: D,L-malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.03→49.015 Å / Num. obs: 145321 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.173 / R_pim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 3.033→3.416 Å / R_merge(I) obs: 1.195 / Num. unique obs: 7266 / R_pim(I) all: 0.401

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TRO

5tro

解像度: 3.03→49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 20.443 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.549 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2457	7237	5 %	RANDOM
R_work	0.2111	-	-	-
obs	0.2128	138083	55.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 328.92 Å² / B_iso mean: 93.555 Å² / B_iso min: 17.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.27 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.03→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48489	0	167	50	48706
B_iso mean	-	-	134.53	45.62	-
残基数	-	-	-	-	6154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	49701
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	47437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.517	1.65	66852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.213	1.591	109817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.115	5	6127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.676	23.685	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.215	15	9063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.638	15	210
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	6161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	56210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	11258

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16439	0.1
1	2	B	16439	0.1
2	1	A	16572	0.09
2	2	C	16572	0.09
3	1	A	15743	0.1
3	2	D	15743	0.1
4	1	A	16568	0.09
4	2	E	16568	0.09
5	1	A	16486	0.1
5	2	F	16486	0.1
6	1	A	16569	0.09
6	2	G	16569	0.09
7	1	A	14457	0.1
7	2	H	14457	0.1
8	1	A	16469	0.09
8	2	I	16469	0.09
9	1	A	16512	0.1
9	2	J	16512	0.1
10	1	A	15923	0.1
10	2	K	15923	0.1
11	1	A	15376	0.11
11	2	L	15376	0.11
12	1	B	16423	0.1
12	2	C	16423	0.1
13	1	B	15991	0.1
13	2	D	15991	0.1
14	1	B	16711	0.1
14	2	E	16711	0.1
15	1	B	16790	0.1
15	2	F	16790	0.1
16	1	B	16564	0.1
16	2	G	16564	0.1
17	1	B	14319	0.11
17	2	H	14319	0.11
18	1	B	16559	0.09
18	2	I	16559	0.09
19	1	B	16508	0.1
19	2	J	16508	0.1
20	1	B	16132	0.1
20	2	K	16132	0.1
21	1	B	15467	0.11
21	2	L	15467	0.11
22	1	C	15851	0.1
22	2	D	15851	0.1
23	1	C	16485	0.1
23	2	E	16485	0.1
24	1	C	16462	0.1
24	2	F	16462	0.1
25	1	C	16798	0.08
25	2	G	16798	0.08
26	1	C	14561	0.1
26	2	H	14561	0.1
27	1	C	16627	0.08
27	2	I	16627	0.08
28	1	C	16726	0.09
28	2	J	16726	0.09
29	1	C	16052	0.1
29	2	K	16052	0.1
30	1	C	15500	0.1
30	2	L	15500	0.1
31	1	D	15963	0.09
31	2	E	15963	0.09
32	1	D	15994	0.11
32	2	F	15994	0.11
33	1	D	15764	0.1
33	2	G	15764	0.1
34	1	D	15121	0.09
34	2	H	15121	0.09
35	1	D	15709	0.09
35	2	I	15709	0.09
36	1	D	15834	0.09
36	2	J	15834	0.09
37	1	D	16143	0.1
37	2	K	16143	0.1
38	1	D	15556	0.11
38	2	L	15556	0.11
39	1	E	16764	0.09
39	2	F	16764	0.09
40	1	E	16609	0.09
40	2	G	16609	0.09
41	1	E	14381	0.1
41	2	H	14381	0.1
42	1	E	16497	0.09
42	2	I	16497	0.09
43	1	E	16508	0.1
43	2	J	16508	0.1
44	1	E	16241	0.09
44	2	K	16241	0.09
45	1	E	15555	0.1
45	2	L	15555	0.1
46	1	F	16556	0.09
46	2	G	16556	0.09
47	1	F	14318	0.11
47	2	H	14318	0.11
48	1	F	16413	0.09
48	2	I	16413	0.09
49	1	F	16498	0.1
49	2	J	16498	0.1
50	1	F	16155	0.1
50	2	K	16155	0.1
51	1	F	15564	0.1
51	2	L	15564	0.1
52	1	G	14432	0.1
52	2	H	14432	0.1
53	1	G	16732	0.08
53	2	I	16732	0.08
54	1	G	16653	0.09
54	2	J	16653	0.09
55	1	G	16026	0.1
55	2	K	16026	0.1
56	1	G	15488	0.11
56	2	L	15488	0.11
57	1	H	14418	0.1
57	2	I	14418	0.1
58	1	H	14597	0.1
58	2	J	14597	0.1
59	1	H	15036	0.09
59	2	K	15036	0.09
60	1	H	14840	0.1
60	2	L	14840	0.1
61	1	I	16558	0.09
61	2	J	16558	0.09
62	1	I	15924	0.09
62	2	K	15924	0.09
63	1	I	15411	0.1
63	2	L	15411	0.1
64	1	J	15962	0.1
64	2	K	15962	0.1
65	1	J	15514	0.11
65	2	L	15514	0.11
66	1	K	15706	0.1
66	2	L	15706	0.1

LS精密化シェル

解像度: 3.033→3.112 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	1	-
R_work	0.45	22	-
all	-	23	-
obs	-	-	0.12 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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