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- PDB-7o1a: Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o1a
タイトルCryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome complex stalled in response to L-tryptophan
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • (Ribosomal RNA ...リボソームRNA) x 3
  • P-site tRNA-Pro
  • TnaC - Tryptophanase leader peptide - R23F
  • mRNA伝令RNA
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / ribosome (リボソーム) / regulation (規制) / TnaC / arrest peptide / L-tryptophan (トリプトファン) / indole (インドール) / stalling
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA endonuclease activity / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / : / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / regulation of translation / リボソーム生合成 / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / molecular adaptor activity / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S16 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / トリプトファン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 ...: / トリプトファン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者van der Stel, A.X. / Gordon, E.R. / Sengupta, A. / Martinez, A.K. / Klepacki, D. / Perry, T.N. / Herrero del Valle, A. / Vazquez-Laslop, N. / Sachs, M.S. / Cruz-Vera, L.R. / Innis, C.A.
資金援助 フランス, 米国, 4件
組織認可番号
European Research Council (ERC)724040 フランス
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1158271 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1951405 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM47498 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2021
タイトル: Structural basis for the tryptophan sensitivity of TnaC-mediated ribosome stalling.
著者: Anne-Xander van der Stel / Emily R Gordon / Arnab Sengupta / Allyson K Martínez / Dorota Klepacki / Thomas N Perry / Alba Herrero Del Valle / Nora Vázquez-Laslop / Matthew S Sachs / Luis R ...著者: Anne-Xander van der Stel / Emily R Gordon / Arnab Sengupta / Allyson K Martínez / Dorota Klepacki / Thomas N Perry / Alba Herrero Del Valle / Nora Vázquez-Laslop / Matthew S Sachs / Luis R Cruz-Vera / C Axel Innis /
要旨: Free L-tryptophan (L-Trp) stalls ribosomes engaged in the synthesis of TnaC, a leader peptide controlling the expression of the Escherichia coli tryptophanase operon. Despite extensive ...Free L-tryptophan (L-Trp) stalls ribosomes engaged in the synthesis of TnaC, a leader peptide controlling the expression of the Escherichia coli tryptophanase operon. Despite extensive characterization, the molecular mechanism underlying the recognition and response to L-Trp by the TnaC-ribosome complex remains unknown. Here, we use a combined biochemical and structural approach to characterize a TnaC variant (R23F) with greatly enhanced sensitivity for L-Trp. We show that the TnaC-ribosome complex captures a single L-Trp molecule to undergo termination arrest and that nascent TnaC prevents the catalytic GGQ loop of release factor 2 from adopting an active conformation at the peptidyl transferase center. Importantly, the L-Trp binding site is not altered by the R23F mutation, suggesting that the relative rates of L-Trp binding and peptidyl-tRNA cleavage determine the tryptophan sensitivity of each variant. Thus, our study reveals a strategy whereby a nascent peptide assists the ribosome in detecting a small metabolite.
履歴
登録2021年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / em_map / entity / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update / _em_map.file / _entity.pdbx_mutation / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-12694
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Ribosomal RNA 16S
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
BA: Ribosomal RNA 23S
BB: Ribosomal RNA 5S
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L31
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L32
B1: 50S ribosomal protein L33
B2: 50S ribosomal protein L34
B3: 50S ribosomal protein L35
B4: 50S ribosomal protein L36
B5: TnaC - Tryptophanase leader peptide - R23F
B7: mRNA
B8: P-site tRNA-Pro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,179,642532
ポリマ-2,165,57155
非ポリマー14,071477
36,4982026
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, The complex was isolated as a 70S peak using sucrose gradient ultracentrifugation.
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area312430 Å2
ΔGint-2323 kcal/mol
Surface area788570 Å2
手法PISA

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要素

-
Ribosomal RNA ... , 3種, 3分子 AABABB

#1: RNA鎖 Ribosomal RNA 16S


分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1108560344
#22: RNA鎖 Ribosomal RNA 23S


分子量: 939607.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#23: RNA鎖 Ribosomal RNA 5S


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26652.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription termination/antitermination protein NusE


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11677.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P68679

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZB0B1B2B3B4

#24: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P60422
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P60438
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P62399
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0AG55
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7M9
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15327.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0AG44
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0C018
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7K6
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7L3
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P60624
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7L8
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7M2
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7M6
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0AG51
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7N4
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7N9
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 B5

#53: タンパク質・ペプチド TnaC - Tryptophanase leader peptide - R23F


分子量: 2063.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 B7B8

#54: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 2846.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#55: RNA鎖 P-site tRNA-Pro


分子量: 24875.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: GenBank: 1847035720

-
非ポリマー , 5種, 2503分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#57: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 合成 / : K
#58: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#59: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C11H12N2O2
#60: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2026 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
170S ribosome stalled during translation of TnaC(R23F) with Pro24 in the P-site.RIBOSOMEmRNA was translated in vitro using an S30 extract-based system, to obtain a stalled 70S:TnaC(R23F):tRNA-Pro:mRNA:L-Trp complex.#1-#550MULTIPLE SOURCES
230S subunitProkaryotic small ribosomal subunitCOMPLEX#1-#211NATURAL
350S subunitProkaryotic large ribosomal subunitCOMPLEX#22-#521NATURAL
4P-site tRNA-Pro - TnaC-(R23F) nascent chainCOMPLEX#53, #551NATURAL
5mRNA伝令RNACOMPLEX#541RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID単位実験値
11MEGADALTONSNO
21MEGADALTONSNO
31MEGADALTONSNO
41NO
15
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
32Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
43Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
54Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
65Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.5
詳細: All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMHEPES-potasium bufferHEPES-KOH1
2100 mMpotassium acetateKOAc1
325 mMmagnesium acetateMgAc1
42 mML-tryptophanトリプトファンL-Trp1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was purified using sucrose gradient ultracentrifugation, diluted to 200 nM and applied to grids.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 X / 倍率(補正後): 59880 X / 最大 デフォーカス(公称値): -1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -400 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8270
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
4RELION3.1CTF補正
7UCSF Chimera1.1.1モデルフィッティング
9ISOLDE1.093モデル精密化
10PHENIX1.19.2モデル精密化
11Cootモデル精密化
12RELION3.1初期オイラー角割当
13RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1分類
15RELION3.13次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 358000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191230 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 6TBV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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