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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o0g | ||||||
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タイトル | Structure of the foamy viral protease-reverse transcriptase in complex with RNA/DNA hybrid. | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / reverse trancscriptase / complex with RNA-DNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / DNA integration / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity ...virion component / DNA integration / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | White-tufted-ear marmoset simian foamy virus (ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Nowak, E. / Nowacka, M. / Nowotny, M. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Structures of Substrate Complexes of Foamy Viral Protease-Reverse Transcriptase. 著者: Marzena Nowacka / Elżbieta Nowak / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Justyna Jackiewicz / Krzysztof Skowronek / Roman H Szczepanowski / Birgitta M Wöhrl / Marcin Nowotny / 要旨: Reverse transcriptases (RTs) use their DNA polymerase and RNase H activities to catalyze the conversion of single-stranded RNA to double-stranded DNA (dsDNA), a crucial process for the replication of ...Reverse transcriptases (RTs) use their DNA polymerase and RNase H activities to catalyze the conversion of single-stranded RNA to double-stranded DNA (dsDNA), a crucial process for the replication of retroviruses. Foamy viruses (FVs) possess a unique RT, which is a fusion with the protease (PR) domain. The mechanism of substrate binding by this enzyme has been unknown. Here, we report a crystal structure of monomeric full-length marmoset FV (MFV) PR-RT in complex with an RNA/DNA hybrid substrate. We also describe a structure of MFV PR-RT with an RNase H deletion in complex with a dsDNA substrate in which the enzyme forms an asymmetric homodimer. Cryo-electron microscopy reconstruction of the full-length MFV PR-RT-dsDNA complex confirmed the dimeric architecture. These findings represent the first structural description of nucleic acid binding by a foamy viral RT and demonstrate its ability to change its oligomeric state depending on the type of bound nucleic acid. Reverse transcriptases (RTs) are intriguing enzymes converting single-stranded RNA to dsDNA. Their activity is essential for retroviruses, which are divided into two subfamilies differing significantly in their life cycles: and . The latter family is much more ancient and comprises five genera. A unique feature of foamy viral RTs is that they contain N-terminal protease (PR) domains, which are not present in orthoretroviral enzymes. So far, no structural information for full-length foamy viral PR-RT interacting with nucleic substrates has been reported. Here, we present crystal and cryo-electron microscopy structures of marmoset foamy virus (MFV) PR-RT. These structures revealed the mode of binding of RNA/DNA and dsDNA substrates. Moreover, unexpectedly, the structures and biochemical data showed that foamy viral PR-RT can adopt both a monomeric configuration, which is observed in our structures in the presence of an RNA/DNA hybrid, and an asymmetric dimer arrangement, which we observed in the presence of dsDNA. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o0g.cif.gz | 395.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o0g.ent.gz | 278.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o0g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o0g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 85465.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: foamy virus 由来: (組換発現) White-tufted-ear marmoset simian foamy virus (ウイルス) 遺伝子: pol 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D5JWV1, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 5805.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Electron density was not observed for the last G / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4529.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 20000, PEG MME550, MES/imidazole |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 26673 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 119.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.28 Å / 冗長度: 13.5 % / Num. unique obs: 4179 / CC1/2: 0.821 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→48.52 Å / SU ML: 0.5481 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4813 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 126.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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