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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nqs | |||||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum Hsp70-x chaperone nucleotide binding domain in complex with Z1203107138 | |||||||||
要素 | Heat shock protein 70Hsp70 | |||||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / Intra-erythrocytic / AMP-PNP / Ligand (配位子) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Mohamad, N. / O'Donoghue, A. / Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I. | |||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structures of P. falciparum Hsp70-x nucleotide binding domain with small molecule ligands 著者: Mohamad, N. / O'Donoghue, A. / Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nqs.cif.gz | 324.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nqs.ent.gz | 264.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nqs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42828.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0831700 / プラスミド: pFLOAT 詳細 (発現宿主): pET30a derivative with N-terminal His6-tag and HRV 3C cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K7NTP5 |
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-非ポリマー , 6種, 160分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-JH1 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4 50 mM NaCl 1 mM DTT 3.5 mM AMP-PNP 24% w/v PEG 1500 20% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→63.3 Å / Num. obs: 28236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.6 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1398 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 2.166 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6RZQ 解像度: 2.56→63.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.724 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.781 / SU Rfree Blow DPI: 0.287 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.289
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原子変位パラメータ | Biso mean: 88.52 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→63.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.56→2.58 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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