+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n9d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | I74A mutant of the isopentenyl phosphate kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus | ||||||
要素 | Isopentenyl phosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Phosphotransferase ATP Biocatalysis Isoprenoids Enzyme Promiscuity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / isoprenoid biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Thomas, L.M. / Singh, S. / Johnson, B.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Molecular Basis for the Substrate Promiscuity of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus . 著者: Johnson, B.P. / Kumar, V. / Scull, E.M. / Thomas, L.M. / Bourne, C.R. / Singh, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n9d.cif.gz | 145.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7n9d.ent.gz | 91.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n9d | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30491.146 Da / 分子数: 2 / 変異: I74A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) 遺伝子: BKD89_07040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G3II74, isopentenyl phosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M Sodium Formate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月24日 / 詳細: Osmic Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→35 Å / Num. obs: 41416 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 29.46 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 1.189 / Num. unique obs: 1983 / CC1/2: 0.662 / Rsym value: 0.745 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LNV 解像度: 2.1→27.06 Å / SU ML: 0.2916 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4912 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.06 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|