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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mf3 | ||||||
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タイトル | Structure of the autoinhibited state of smooth muscle myosin-2 | ||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / Muscle contraction / ATPase (ATPアーゼ) / autoinhibition / 10S | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases activate PAKs / myosin II filament / Smooth Muscle Contraction / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント ...RHO GTPases activate PAKs / myosin II filament / Smooth Muscle Contraction / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / myosin heavy chain binding / smooth muscle contraction / stress fiber / ADP binding / actin filament binding / actin binding / calmodulin binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Heissler, S.M. / Arora, A.S. / Billington, N. / Sellers, J.R. / Chinthalapudi, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the autoinhibited state of myosin-2. 著者: Sarah M Heissler / Amandeep S Arora / Neil Billington / James R Sellers / Krishna Chinthalapudi / 要旨: We solved the near-atomic resolution structure of smooth muscle myosin-2 in the autoinhibited state (10) using single-particle cryo–electron microscopy. The 3.4-Å structure reveals the precise ...We solved the near-atomic resolution structure of smooth muscle myosin-2 in the autoinhibited state (10) using single-particle cryo–electron microscopy. The 3.4-Å structure reveals the precise molecular architecture of 10 and the structural basis for myosin-2 regulation. We reveal the position of the phosphorylation sites that control myosin autoinhibition and activation by phosphorylation of the regulatory light chain. Further, we present a previously unidentified conformational state in myosin-2 that traps ADP and P produced by the hydrolysis of ATP in the active site. This noncanonical state represents a branch of the myosin enzyme cycle and explains the autoinhibition of the enzyme function of 10 along with its reduced affinity for actin. Together, our structure defines the molecular mechanisms that drive 10 formation, stabilization, and relief by phosphorylation of the regulatory light chain. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mf3.cif.gz | 596.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mf3.ent.gz | 447.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mf3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mf3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 8分子 ABGHCFDE
#1: タンパク質 | 分子量: 229018.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: gizzard / 参照: UniProt: P10587 #2: タンパク質 | 分子量: 16873.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: Gizzard / 参照: UniProt: P02607 #3: タンパク質 | 分子量: 19741.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: Gizzard / 参照: UniProt: P02612 |
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-非ポリマー , 3種, 8分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: TISSUE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Smooth muscle myosin-2 10S complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.531256 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: Gizzard |
緩衝液 | pH: 7.3 / 詳細: 150 mM NaCl, 1mM EGTA, 2mM MgCl2 |
緩衝液成分 | 濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride塩化ナトリウム / 式: NaCl塩化ナトリウム |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 1 mg/ml |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 292 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 81000 X / Cs: 0.01 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 234464 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5I4E PDB chain-ID: A | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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