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- PDB-7ly3: Crystal structure of SARS-CoV-2 S NTD bound to S2M28 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ly3
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 S NTD bound to S2M28 Fab
要素
  • S2M28 Fab Heavy Chain
  • S2M28 Fab Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Antibody (抗体) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
キシリトール / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者McCallum, M. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: N-terminal domain antigenic mapping reveals a site of vulnerability for SARS-CoV-2.
著者: Matthew McCallum / Anna De Marco / Florian A Lempp / M Alejandra Tortorici / Dora Pinto / Alexandra C Walls / Martina Beltramello / Alex Chen / Zhuoming Liu / Fabrizia Zatta / Samantha Zepeda ...著者: Matthew McCallum / Anna De Marco / Florian A Lempp / M Alejandra Tortorici / Dora Pinto / Alexandra C Walls / Martina Beltramello / Alex Chen / Zhuoming Liu / Fabrizia Zatta / Samantha Zepeda / Julia di Iulio / John E Bowen / Martin Montiel-Ruiz / Jiayi Zhou / Laura E Rosen / Siro Bianchi / Barbara Guarino / Chiara Silacci Fregni / Rana Abdelnabi / Shi-Yan Caroline Foo / Paul W Rothlauf / Louis-Marie Bloyet / Fabio Benigni / Elisabetta Cameroni / Johan Neyts / Agostino Riva / Gyorgy Snell / Amalio Telenti / Sean P J Whelan / Herbert W Virgin / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto / David Veesler /
要旨: The SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein contains an immunodominant receptor-binding domain (RBD) targeted by most neutralizing antibodies (Abs) in COVID-19 patient plasma. Little is known about ...The SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein contains an immunodominant receptor-binding domain (RBD) targeted by most neutralizing antibodies (Abs) in COVID-19 patient plasma. Little is known about neutralizing Abs binding to epitopes outside the RBD and their contribution to protection. Here, we describe 41 human monoclonal Abs (mAbs) derived from memory B cells, which recognize the SARS-CoV-2 S N-terminal domain (NTD) and show that a subset of them neutralize SARS-CoV-2 ultrapotently. We define an antigenic map of the SARS-CoV-2 NTD and identify a supersite (designated site i) recognized by all known NTD-specific neutralizing mAbs. These mAbs inhibit cell-to-cell fusion, activate effector functions, and protect Syrian hamsters from SARS-CoV-2 challenge, albeit selecting escape mutants in some animals. Indeed, several SARS-CoV-2 variants, including the B.1.1.7, B.1.351, and P.1 lineages, harbor frequent mutations within the NTD supersite, suggesting ongoing selective pressure and the importance of NTD-specific neutralizing mAbs for protective immunity and vaccine design.
履歴
登録2021年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
D: S2M28 Fab Heavy Chain
C: S2M28 Fab Light Chain
E: S2M28 Fab Light Chain
F: S2M28 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,33926
ポリマ－168,2096
非ポリマー7,13020
水0
1
A: Spike protein S1
D: S2M28 Fab Heavy Chain
C: S2M28 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,92513
ポリマ－84,1043
非ポリマー3,82110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
E: S2M28 Fab Light Chain
F: S2M28 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,41413
ポリマ－84,1043
非ポリマー3,30910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.444, 125.457, 365.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 12 through 40 or (resid 41...
21(chain B and (resid 12 through 31 or (resid 32...
12(chain C and ((resid 3 and (name N or name...
22(chain E and (resid 3 through 56 or (resid 57...
13(chain D and (resid 1 through 217 or (resid 218...
23(chain F and (resid 1 through 64 or (resid 65...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 12 through 40 or (resid 41...A12 - 40
121(chain A and (resid 12 through 40 or (resid 41...A41
131(chain A and (resid 12 through 40 or (resid 41...A12 - 1902
141(chain A and (resid 12 through 40 or (resid 41...A12 - 1902
151(chain A and (resid 12 through 40 or (resid 41...A12 - 1902
161(chain A and (resid 12 through 40 or (resid 41...A12 - 1902
211(chain B and (resid 12 through 31 or (resid 32...B12 - 31
221(chain B and (resid 12 through 31 or (resid 32...B32
231(chain B and (resid 12 through 31 or (resid 32...B11 - 303
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251(chain B and (resid 12 through 31 or (resid 32...B11 - 303
261(chain B and (resid 12 through 31 or (resid 32...B11 - 303
112(chain C and ((resid 3 and (name N or name...C3
122(chain C and ((resid 3 and (name N or name...C2 - 212
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212(chain E and (resid 3 through 56 or (resid 57...E3 - 56
222(chain E and (resid 3 through 56 or (resid 57...E57
232(chain E and (resid 3 through 56 or (resid 57...E3 - 212
242(chain E and (resid 3 through 56 or (resid 57...E3 - 212
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262(chain E and (resid 3 through 56 or (resid 57...E3 - 212
113(chain D and (resid 1 through 217 or (resid 218...D1 - 217
123(chain D and (resid 1 through 217 or (resid 218...D218
133(chain D and (resid 1 through 217 or (resid 218...D1 - 221
213(chain F and (resid 1 through 64 or (resid 65...F1 - 64
223(chain F and (resid 1 through 64 or (resid 65...F65
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253(chain F and (resid 1 through 64 or (resid 65...F1 - 221
263(chain F and (resid 1 through 64 or (resid 65...F1 - 221

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.948841942798, -0.0135187128683, -0.315461902595), (0.00807504147932, -0.999795195955, 0.0185569353625), (-0.315648160603, 0.0150602306531, 0.948756780298)29.278558801, 19.3403153213, 3.70647989365
2given(-0.949129251261, -0.229836903326, -0.215240940043), (0.0984705552933, -0.865909737398, 0.490411945634), (-0.299093988809, 0.444269427881, 0.844492428213)19.5769930924, 3.09952658949, 20.9236028154
3given(-0.968356689393, 0.137372605122, -0.208360479625), (-0.216811407454, -0.876544096512, 0.429724633304), (-0.123604756, 0.461301652102, 0.878591287268)29.9308510479, 6.82986131684, 15.3413983811

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 37705.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 2種, 4分子 DFCE

#2: 抗体 S2M28 Fab Heavy Chain


分子量: 23778.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 S2M28 Fab Light Chain


分子量: 22619.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 5種, 16分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル / キシリトール


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O5

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#8: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#10: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 10 mM HEPES-HCl pH 8.0 750 mM NaCl 0.1 M Ammonium Sulfate 0.05 M Sodium Citrate pH 4.75 12.5 % PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.42 Å / Num. obs: 62479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 83.5 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 6095 / Rpim(I) all: 0.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 7LY2

7ly2


解像度: 3→49.42 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1185 5 %
Rwork0.2085 116934 -
obs0.2088 62479 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.66 Å2 / Biso mean: 93.8569 Å2 / Biso min: 51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10827 0 465 0 11292
Biso mean--150.19 --
残基数----1429
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A0X-RAY DIFFRACTION5.165TORSIONAL
12B0X-RAY DIFFRACTION5.165TORSIONAL
21C1834X-RAY DIFFRACTION5.165TORSIONAL
22E1834X-RAY DIFFRACTION5.165TORSIONAL
31D1968X-RAY DIFFRACTION5.165TORSIONAL
32F1968X-RAY DIFFRACTION5.165TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3-3.140.35211490.334414568
3.14-3.30.34591480.30214678
3.3-3.510.28871500.259714623
3.51-3.780.24181510.226214515
3.78-4.160.24381460.204114701
4.16-4.760.16931470.158214632
4.76-60.18141500.180314616
6-49.420.24661440.200214601
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7682-1.9022-0.55541.0306-1.34538.8774-0.03640.3482-0.31921.02460.26430.09220.3444-1.0434-0.25681.07340.03370.10550.4467-0.11360.7795-0.661-20.20164.907
26.2921-1.9314-2.79562.02774.17862.1146-0.2629-0.00080.13020.60370.54230.69890.07071.6916-0.22431.4321-0.0746-0.01050.38010.06080.78639.7139.46364.853
36.90471.27821.24032.82341.65026.36770.3842-0.55590.5150.4101-0.42850.3983-0.2888-0.1188-0.04791.35060.03130.11070.5506-0.01680.74320.802-3.24992.862
45.8240.4982-1.05395.2491-1.45974.4609-0.20960.1193-0.9094-0.19670.1433-0.2380.6958-0.0956-0.01251.48430.01660.22490.5382-0.03950.8105-1.33124.70191.568
53.27661.0274-0.79390.47311.10386.0622-0.0660.0316-0.2180.38020.0457-0.13980.74560.36950.00940.86020.13130.05020.3808-0.02270.64845.422-8.89869.972
62.26140.66280.21790.1194-1.03685.52870.05170.01110.1520.4573-0.03590.3555-0.5565-0.1167-0.01640.85330.03530.06520.3236-0.02730.76411.99829.49568.517
75.18471.388-2.33084.0468-3.012.58680.4893-0.72410.71261.3132-0.1720.5614-0.73890.3253-0.32091.74360.05760.18320.5898-0.13020.849-0.685-4.693100.008
81.66160.52820.00392.39410.38823.163-0.0572-0.3283-0.32191.06770.09830.27290.3514-0.1752-0.08231.74470.06240.20740.61740.06090.8793-1.80226.02798.608
91.22490.98340.22513.21411.35791.784-0.1884-0.4482-0.37150.16730.0762-0.2472-0.0555-0.25410.12681.29520.14550.15221.20420.11941.13246.846-3.78869.746
100.986-0.21010.05741.3765-1.33742.4416-0.2390.1345-0.13320.0839-0.11120.02990.59710.3750.32951.53150.09790.14031.0548-0.09921.08245.91324.1257.742
114.18411.0099-1.51311.2883-0.31294.68250.03670.0153-0.15860.04090.281-0.85910.80031.4021-0.29730.78650.371-0.06781.2128-0.31070.865828.077-24.10939.776
123.73561.30780.47721.9191-0.98617.56350.12450.42690.39010.1660.02490.6981-0.8964-1.0768-0.13350.56340.21420.0350.67120.00350.6912-9.18344.21832.145
133.83880.05770.23813.0940.90585.76920.03760.6252-0.52080.6002-0.20470.3420.9348-0.21280.16910.78240.10280.13080.6565-0.24720.73295.941-26.50137.678
145.76430.8629-0.90154.4836-0.42649.38230.09580.5460.45120.4488-0.1635-0.365-0.94431.44890.05160.655-0.0993-0.10960.67360.11910.55912.66245.33237.246
155.1636-0.85721.43292.962-1.09114.3991-0.48-0.36620.42080.09940.2471-0.0055-0.1413-0.040.24550.4240.03550.00451.1153-0.32780.895424.055-23.7141.323
164.534-1.7758-1.77924.49920.95113.4436-0.5239-0.6698-0.01750.17170.4804-0.02630.1452-0.08870.06230.39710.0587-0.04031.23170.11030.750.84328.737.336
172.45781.51221.85695.42330.66023.3573-0.26410.0475-0.452-0.13120.2773-0.24990.09270.17270.01910.43050.04830.01591.2689-0.26130.847414.432-36.5242.282
182.0586-0.6026-0.56663.85310.70496.8051-0.2336-0.05490.1803-0.18750.3905-0.0235-0.13420.1245-0.14630.3971-0.01470.01091.16660.08210.791610.50136.175-3.295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 12:29 )A12 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 11:29 )B11 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 30:61 )A30 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 30:61 )B30 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 62:270 )A62 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 62:270 )B62 - 270
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 271:305 )A271 - 305
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 271:303 )B271 - 303
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 1701:1702 )A1701 - 1702
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 401:403 )B401 - 403
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 2:108 )C2 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 3:108 )E3 - 108
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 1:119 )D1 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN F AND RESID 1:119 )F1 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 109:212 )C109 - 212
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 109:212 )E109 - 212
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 120:221 )D120 - 221
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN F AND RESID 120:221 )F120 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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