+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lnx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | I146A mutant of the isopentenyl phosphate kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus | ||||||
要素 | Isopentenyl phosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Phosphotransferase ATP Biocatalysis Isoprenoids Enzyme Promiscuity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / isoprenoid biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Thomas, L.M. / Singh, S. / Johnson, B.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Molecular Basis for the Substrate Promiscuity of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus . 著者: Johnson, B.P. / Kumar, V. / Scull, E.M. / Thomas, L.M. / Bourne, C.R. / Singh, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lnx.cif.gz | 128 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7lnx.ent.gz | 82.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lnx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnx | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 30491.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: I146A 由来: (組換発現) Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) 遺伝子: BKD89_07040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G3II74, isopentenyl phosphate kinase |
---|
-非ポリマー , 5種, 59分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-Y7D / ( | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-WOG / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 28% PEG 3350. 0.1 M Sodium Chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→39.42 Å / Num. obs: 22800 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 35.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2038 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.531 / Rrim(I) all: 0.877 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: natvie structure 解像度: 2.3→39.42 Å / SU ML: 0.3594 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.7721 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.42 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|