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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lnv | ||||||
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タイトル | Apo Structure of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus | ||||||
要素 | Isopentenyl phosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Phosphotransferase ATP Biocatalysis Isoprenoids Enzyme Promiscuity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / isoprenoid biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Thomas, L.M. / Singh, S. / Scull, E.M. / Bourne, C.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Molecular Basis for the Substrate Promiscuity of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus . 著者: Johnson, B.P. / Kumar, V. / Scull, E.M. / Thomas, L.M. / Bourne, C.R. / Singh, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lnv.cif.gz | 191.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lnv.ent.gz | 122 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lnv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30533.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) 遺伝子: BKD89_07040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G3II74, isopentenyl phosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Sodium Malonate pH 7.0, 20% PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日 / 詳細: Osmic Veri Max mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 44070 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 9.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 2159 / CC1/2: 0.552 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LKK 解像度: 2.2→37.29 Å / SU ML: 0.3045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1766 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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