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万見
- PDB-7kw9: NMR Structure of a tRNA 2'-phosphotransferase from Runella slithy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kw9
タイトルNMR Structure of a tRNA 2'-phosphotransferase from Runella slithyformis in complex with NAD+
要素tRNA 2'-phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / tRNA 2'-phosphotransferase NAD+
機能・相同性NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Runella slithyformis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Alphonse, S. / Dantuluri, S. / Banerjee, A. / Shuman, S. / Ghose, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF MCB 1412007 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: NMR solution structures of Runella slithyformis RNA 2'-phosphotransferase Tpt1 provide insights into NAD+ binding and specificity.
著者: Alphonse, S. / Banerjee, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. / Ghose, R.
履歴
登録2020年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5092
ポリマ－19,8461
非ポリマー6631
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area970 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10190 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 tRNA 2'-phosphotransferase / Tpt1


分子量: 19846.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Runella slithyformis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: 2'-phosphotransferase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CA)CO
132isotropic43D HNCA
141isotropic23D HN(CO)CA
151isotropic23D HN(CA)CB
162isotropic43D CBCA(CO)NH
171isotropic53D HBHA(CO)NH
181isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D H(CCO)NH
2103isotropic43D CCH-TOCSY
2113isotropic43D (H)CCH-TOCSY
2124isotropic32D 1H-1H NOESY
1135isotropic63D 1H-15N NOESY
1141isotropic43D 1H-15N NOESY
1151isotropic43D 1H-13C NOESY aromatic
2163isotropic43D 1H-13C NOESY aromatic
1171isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
2183isotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
2194isotropic23D 1H-13C NOESY methyl
2206isotropic44D 1H-13C-13C-1H NOESY methyl

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1600 uM [U-13C; U-15N] Tpt1, 2.4 mM NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 2 mM [U-2H] EDTA, 5 % v/v [U-2H] glycerol, 1 mM AEBSF protease inhibitor, 0.04 % w/v sodium azide, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2O4-fold excess of NAD+ was used to assure full saturation of Tpt1CN_sample195% H2O/5% D2O
solution2280 uM [U-13C; U-15N] Tpt1, 1.12 mM NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 2 mM [U-2H] EDTA, 5 % v/v [U-2H] glycerol, 1 mM AEBSF protease inhibitor, 0.04 % w/v sodium azide, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2O4-fold excess of NAD+ was used to assure full saturation of Tpt1CN_sample295% H2O/5% D2O
solution3325 uM [U-13C; U-15N] Tpt1, 1.3 mM NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 2 mM [U-2H] EDTA, 5 % v/v [U-2H] glycerol, 1 mM AEBSF protease inhibitor, 0.04 % w/v sodium azide, 50 uM DSS, 100% D2O4-fold excess of NAD+ was used to assure full saturation of Tpt1CN_sample3100% D2O
solution4300 uM [U-13C; U-15N] Tpt1, 1.2 mM NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 2 mM [U-2H] EDTA, 5 % v/v [U-2H] glycerol, 1 mM AEBSF protease inhibitor, 0.04 % w/v sodium azide, 50 uM DSS, 100% D2OTpt1 was uniformly [2H-15N] label with specific [13C-1H] labeling on methyl groups for ILE [d1 only] VAL (g1 and g2), Leu (d1 and d2). 4-fold excess of NAD+ was used to assure full saturation of Tpt12H-15N_ILVM_sample4_d2O100% D2O
solution5500 uM [U-13C; U-15N; U-2H] Tpt1, 2 mM NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 2 mM [U-2H] EDTA, 5 % v/v [U-2H] glycerol, 1 mM AEBSF protease inhibitor, 0.04 % w/v sodium azide, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2OTpt1 was uniformly [2H-15N] label with specific [13C-1H] labeling on methyl groups for ILE [d1 only] VAL (g1 and g2), Leu (d1 and d2). 4-fold excess of NAD+ was used to assure full saturation of Tpt1DCN_sample595% H2O/5% D2O
solution6400 uM [U-13C; U-15N] Tpt1, 1.6 mM NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE, 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 2 mM [U-2H] EDTA, 5 % v/v [U-2H] glycerol, 1 mM AEBSF protease inhibitor, 0.04 % w/v sodium azide, 50 uM DSS, 100% D2OTpt1 was uniformly [2H-15N] label with specific [13C-1H] labeling on methyl groups for ILE [d1 only] VAL (g1 and g2), Leu (d1 and d2). 4-fold excess of NAD+ was used to assure full saturation of Tpt12H-15N_ILVM_sample5_d2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMTpt1[U-13C; U-15N]1
2.4 mMNICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDEnatural abundance1
20 mMHEPESnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
2 mMEDTA[U-2H]1
5 % v/vglycerol[U-2H]1
1 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance1
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance1
50 uMDSSnatural abundance1
280 uMTpt1[U-13C; U-15N]2
1.12 mMNICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDEnatural abundance2
20 mMHEPESnatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
2 mMEDTA[U-2H]2
5 % v/vglycerol[U-2H]2
1 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance2
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance2
50 uMDSSnatural abundance2
325 uMTpt1[U-13C; U-15N]3
1.3 mMNICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDEnatural abundance3
20 mMHEPESnatural abundance3
200 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
2 mMEDTA[U-2H]3
5 % v/vglycerol[U-2H]3
1 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance3
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance3
50 uMDSSnatural abundance3
300 uMTpt1[U-13C; U-15N]4
1.2 mMNICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDEnatural abundance4
20 mMHEPESnatural abundance4
200 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMDTTnatural abundance4
2 mMEDTA[U-2H]4
5 % v/vglycerol[U-2H]4
1 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance4
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance4
50 uMDSSnatural abundance4
500 uMTpt1[U-13C; U-15N; U-2H]5
2 mMNICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDEnatural abundance5
20 mMHEPESnatural abundance5
200 mMsodium chloridenatural abundance5
2 mMDTTnatural abundance5
2 mMEDTA[U-2H]5
5 % v/vglycerol[U-2H]5
1 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance5
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance5
50 uMDSSnatural abundance5
400 uMTpt1[U-13C; U-15N]6
1.6 mMNICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDEnatural abundance6
20 mMHEPESnatural abundance6
200 mMsodium chloridenatural abundance6
2 mMDTTnatural abundance6
2 mMEDTA[U-2H]6
5 % v/vglycerol[U-2H]6
1 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance6
0.04 % w/vsodium azidenatural abundance6
50 uMDSSnatural abundance6
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)詳細
10 Not definedcondition_17 1 atm290.15 K
20 Not definedcondition_27 pH*1 atm290.15 KSample in 100% D2O, pH of the solution was corrected to match the pH of other {95% H2O-5% D2O} samples.

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001cryogenically-cooled probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002cryogenically-cooled probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8003cryogenically-cooled probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7005cryogenically-cooled probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8004cryogenically-cooled probe
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II9006cryogenically-cooled probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe10.3 Revision 2019.220.13.40Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin3.5p15Bruker Biospincollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
X-PLOR NIH2.52Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
詳細: the structures are based on a total of 3773 restraints, 3368 are NOE-derived distance constraints, 269 dihedral angle restraints, 136 from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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