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万見
- PDB-7kse: Crystal structure of Prototype Foamy Virus Protease-Reverse Trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kse
タイトルCrystal structure of Prototype Foamy Virus Protease-Reverse Transcriptase CSH mutant (selenomethionine-labeled)
要素Peptidase A9/Reverse transcriptase/RNase H
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Multifunctional enzyme / Transferase (転移酵素) / reverse transcription (逆転写酵素) / viral maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / タンパク質分解 / RNA binding ...DNA integration / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / タンパク質分解 / RNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / リボヌクレアーゼH ...Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Harrison, J.J.E.K. / Das, K. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM103368 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI027690 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of a Retroviral Polyprotein: Prototype Foamy Virus Protease-Reverse Transcriptase (PR-RT).
著者: Harrison, J.J.E.K. / Tuske, S. / Das, K. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Boyer, P.L. / DeStefano, J.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
履歴
登録2020年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase A9/Reverse transcriptase/RNase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8262
ポリマ－85,7861
非ポリマー401
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.375, 53.352, 74.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Peptidase A9/Reverse transcriptase/RNase H / Pro-Pol polyprotein / Protease/Reverse transcriptase / Protease/Reverse transcriptase/ribonuclease ...Pro-Pol polyprotein / Protease/Reverse transcriptase / Protease/Reverse transcriptase/ribonuclease H / Ribonuclease H / p42In / p65Pro-RT / p87Pro-RT-RNaseH


分子量: 85785.664 Da / 分子数: 1 / 変異: D26A, C282S, H509D, S586K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1Q1N9V8, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM KCl, 50 mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 12% PEG 8000, 1.0 mM spermine, 1.0 mM L-argininamide, 200 mM glycyglycine or glycylglycylglycine, 100 mM CaCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F110.97601
シンクロトロンSSRL BL9-220.97852
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2016年2月19日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2016年3月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976011
20.978521
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 19100 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 30.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.331 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.337 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 29.7 % / Rmerge(I) obs: 1.973 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2990 / CC1/2: 0.818 / Rpim(I) all: 0.367 / Rrim(I) all: 2.007 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 351.39 / 位相誤差: 37.4882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3131 1086 5.69 %
Rwork0.278 17984 -
obs0.2909 19070 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 1 11 5908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00696045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38568236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0808934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01161047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.93162260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.160.42391350.39082536X-RAY DIFFRACTION93.93
3.16-3.360.38971330.3632536X-RAY DIFFRACTION94.98
3.36-3.620.35411310.34352588X-RAY DIFFRACTION95.15
3.62-3.980.36641500.32162550X-RAY DIFFRACTION94.24
3.98-4.550.2981460.27552589X-RAY DIFFRACTION94.63
4.55-5.740.35281280.26172618X-RAY DIFFRACTION95.3
5.74-500.27041520.24482678X-RAY DIFFRACTION94.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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