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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ki4 | |||||||||
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タイトル | Structure of the NiV F glycoprotein in complex with the 12B2 neutralizing antibody | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Nipah virus / Hendra virus / henipavirus / neutralizing antibody (中和抗体) / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nipah virus (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Dang, H.V. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Broadly neutralizing antibody cocktails targeting Nipah virus and Hendra virus fusion glycoproteins. 著者: Ha V Dang / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Zachary A Bornholdt / Brandyn R West / Yee-Peng Chan / Chad E Mire / Sofia Cheliout Da Silva / Antony S Dimitrov / Lianying Yan / Moushimi ...著者: Ha V Dang / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Zachary A Bornholdt / Brandyn R West / Yee-Peng Chan / Chad E Mire / Sofia Cheliout Da Silva / Antony S Dimitrov / Lianying Yan / Moushimi Amaya / Chanakha K Navaratnarajah / Larry Zeitlin / Thomas W Geisbert / Christopher C Broder / David Veesler / 要旨: Hendra virus (HeV) and Nipah virus (NiV) are henipaviruses (HNVs) causing respiratory illness and severe encephalitis in humans, with fatality rates of 50-100%. There are no licensed therapeutics or ...Hendra virus (HeV) and Nipah virus (NiV) are henipaviruses (HNVs) causing respiratory illness and severe encephalitis in humans, with fatality rates of 50-100%. There are no licensed therapeutics or vaccines to protect humans. HeV and NiV use a receptor-binding glycoprotein (G) and a fusion glycoprotein (F) to enter host cells. HNV F and G are the main targets of the humoral immune response, and the presence of neutralizing antibodies is a correlate of protection against NiV and HeV in experimentally infected animals. We describe here two cross-reactive F-specific antibodies, 1F5 and 12B2, that neutralize NiV and HeV through inhibition of membrane fusion. Cryo-electron microscopy structures reveal that 1F5 and 12B2 recognize distinct prefusion-specific, conserved quaternary epitopes and lock F in its prefusion conformation. We provide proof-of-concept for using antibody cocktails for neutralizing NiV and HeV and define a roadmap for developing effective countermeasures against these highly pathogenic viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ki4.cif.gz | 408.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ki4.ent.gz | 328.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ki4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7ki4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7ki4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABE
#1: タンパク質 | 分子量: 60028.074 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH63 |
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-抗体 , 2種, 6分子 LCFHDG
#2: 抗体 | 分子量: 23657.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 48630.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-糖 , 3種, 12分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | #6: 多糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NiV F glycoprotein in complex with the 12B2 neutralizing antibody Fab fragment タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28776 / 対称性のタイプ: POINT |