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- PDB-7kfx: Structural basis for a germline-biased antibody response to SARS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kfx
タイトルStructural basis for a germline-biased antibody response to SARS-CoV-2 (RBD:C1A-C2 Fab)
要素
  • Spike glycoproteinスパイクタンパク質
  • heavy chain of human antibody C1A-C2 Fab
  • light chain of human antibody C1A-C2 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM/Viral protein (免疫系) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / neutralizing antibody (中和抗体) / affinity maturation (親和性成熟) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-Viral protein complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.226 Å
データ登録者Pan, J. / Abraham, J. / Clark, L. / Clark, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for a germline-biased neutralizing antibody response to SARS-CoV-2.
著者: Clark, S.A. / Clark, L.E. / Pan, J. / Coscia, A. / McKay, L.G.A. / Shankar, S. / Johnson, R.I. / Griffiths, A. / Abraham, J.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
H: heavy chain of human antibody C1A-C2 Fab
L: light chain of human antibody C1A-C2 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8654
ポリマ－72,6443
非ポリマー2211
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.455, 149.192, 146.143
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / スパイクタンパク質 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 25467.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 heavy chain of human antibody C1A-C2 Fab


分子量: 23909.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 light chain of human antibody C1A-C2 Fab


分子量: 23266.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: protein sample: 13 mg/mL in 150mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.5 mother liquor composition (equal volume): 0.03 M Citric acid, 0.07M BIS-TRIS propane/pH 7.6, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→200 Å / Num. obs: 44541 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.58 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 6.86
反射 シェル解像度: 2.22→2.36 Å / 冗長度: 3.56 % / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 13624 / CC1/2: 0.251 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PHENIX1.18.2-3874data processing
O15.1.0モデル構築
XDS20200131データ削減
XDS20200131データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KFV

7kfv


解像度: 2.226→74.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.173
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 2121 -RANDOM
Rwork0.1909 ---
obs0.1926 44541 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7707 Å20 Å20 Å2
2---4.8075 Å20 Å2
3---13.5782 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.226→74.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 14 325 5200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085065HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.016907HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1687SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes865HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5065HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion658SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies9HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3927SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.82
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 44 -
Rwork0.2603 --
obs0.2605 891 74.4 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3651-1.8087-2.53142.87293.122310.41240.2276-0.806-1.6326-0.8060.2437-0.1202-1.6326-0.1202-0.4713-0.18940.03160.0508-0.360.0105-0.3569-0.016172.019214.8805
26.7154-4.1073-2.26663.72154.59515.0866-0.02550.0827-0.23010.0827-0.4396-1.6015-0.2301-1.60150.4651-0.60920.2305-0.01560.0365-0.0189-0.3103-12.963765.302117.3277
32.2539-1.6787-3.66655.67036.995613.88960.1854-0.1545-0.3306-0.1545-0.2927-1.0208-0.3306-1.02080.1073-0.51210.0606-0.0191-0.18380.0415-0.3643-5.000462.444618.8834
42.0758-1.6407-1.64574.17062.91222.96730.0791-0.2679-0.3085-0.2679-0.2024-0.1207-0.3085-0.12070.1233-0.3798-0.06330.0064-0.1956-0.0639-0.34462.120456.49948.7049
51.8756-2.6732-1.06555.40232.55132.07460.2444-0.6061-0.5338-0.60610.0046-0.1028-0.5338-0.1028-0.249-0.397-0.13510.0589-0.3029-0.0665-0.38678.383155.01394.794
66.49943.21234.976502.082616.91030.34830.4353-0.6210.4353-0.2979-0.551-0.621-0.551-0.0504-0.36470.15410.0946-0.1996-0.1366-0.4571-1.357673.031832.739
70.58661.3130.28334.5770.1571.28310.0964-0.02660.1629-0.02660.01950.06080.16290.0608-0.1159-0.3852-0.0763-0.0314-0.282-0.0082-0.31655.756930.49983.7107
80.2960.1803-0.9490.91050.1145.7919-0.1013-0.15040.1719-0.1504-0.1135-0.03370.1719-0.03370.2149-0.31530.03320.0394-0.33720.01-0.2744-4.82060.684-18.45
93.6359-1.5676-2.70565.84928.731217.8427-0.4791-0.9186-0.2576-0.9186-0.141-0.6123-0.2576-0.61230.6201-0.061-0.0569-0.0887-0.51130.0098-0.563-3.973636.7323-20.9816
100.21610.7207-0.09452.62211.20955.3444-0.2093-0.7787-0.3901-0.77870.2457-0.133-0.3901-0.133-0.0364-0.1258-0.09730.0198-0.3609-0.011-0.38512.597839.9133-14.8055
112.82743.36050.89591.25150.47046.81530.1445-0.3568-0.6532-0.3568-0.1392-0.5899-0.6532-0.5899-0.0053-0.0296-0.04060.0164-0.43620.0241-0.3772-4.365124.4259-30.8522
121.86451.5793-1.86210.4675-1.19713.17240.2023-0.17160.086-0.1716-0.3220.03750.0860.03750.1196-0.27870.0245-0.0082-0.3019-0.0016-0.2969-15.25597.9057-21.8043
131.18570.41040.46530.5064-1.22951.00630.0157-0.24780.0263-0.2478-0.0579-0.05090.0263-0.05090.0421-0.27490.1109-0.0457-0.2503-0.0568-0.2722-21.001912.8973-17.2534
143.14982.776-1.69482.9652-1.72772.9650.0574-0.2182-0.1578-0.2182-0.0746-0.2862-0.1578-0.28620.0173-0.34050.0901-0.0114-0.3553-0.0384-0.2957-17.60929.0808-23.863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|334 - A|364 }A334 - 364
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|365 - A|380 }A365 - 380
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|381 - A|409 }A381 - 409
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|410 - A|459 }A410 - 459
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|460 - A|516 }A460 - 516
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|517 - A|528 }A517 - 528
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|1 - H|111 }H1 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|112 - H|218 }H112 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9{ L|1 - L|18 }L1 - 18
10X-RAY DIFFRACTION10{ L|19 - L|102 }L19 - 102
11X-RAY DIFFRACTION11{ L|103 - L|113 }L103 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|114 - L|150 }L114 - 150
13X-RAY DIFFRACTION13{ L|151 - L|163 }L151 - 163
14X-RAY DIFFRACTION14{ L|164 - L|214 }L164 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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