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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k3v | ||||||||||||
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タイトル | Apoferritin structure at 1.34 angstrom resolution determined from a 300 kV Titan Krios G3i electron microscope with K3 detector | ||||||||||||
要素 | Ferritin heavy chainフェリチン | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Apoferritin (フェリチン) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / atomic resolution / K3 detector | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.34 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, K. / Pintilie, G. / Li, S. / Schmid, M. / Chiu, W. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Resolving individual atoms of protein complex by cryo-electron microscopy. 著者: Kaiming Zhang / Grigore D Pintilie / Shanshan Li / Michael F Schmid / Wah Chiu / | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k3v.cif.gz | 836.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k3v.ent.gz | 687.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k3v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20116.547 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02794, ferroxidase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Apoferritinフェリチン / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.48 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Calibrated defocus min: 100 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8034 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: Segger / バージョン: 2.5.2 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1176336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: O (正8面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 902455 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: CC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3AJO PDB chain-ID: A / Accession code: 3AJO / Source name: PDB / タイプ: experimental model |