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- PDB-7jsy: Proteinase K soaked with I3C determined by MicroED from a single ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jsy
タイトルProteinase K soaked with I3C determined by MicroED from a single milled microcrystal
要素Proteinase KプロテイナーゼK
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Proteinase K (プロテイナーゼK)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / プロテイナーゼK
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Martynowycz, M.W. / Gonen, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Ligand Incorporation into Protein Microcrystals for MicroED by On-Grid Soaking.
著者: Michael W Martynowycz / Tamir Gonen /
要旨: A high throughout method for soaking ligands into protein microcrystals on TEM grids is presented. Every crystal on the grid is soaked simultaneously using only standard cryoelectron microscopy ...A high throughout method for soaking ligands into protein microcrystals on TEM grids is presented. Every crystal on the grid is soaked simultaneously using only standard cryoelectron microscopy vitrification equipment. The method is demonstrated using proteinase K microcrystals soaked with the 5-amino-2,4,6-triodoisophthalic acid (I3C) magic triangle. A soaked microcrystal is milled to a thickness of approximately 200 nm using a focused ion beam, and MicroED data are collected. A high-resolution structure of the protein with four ligands at high occupancy is determined. Both the number of ligands bound and their occupancy is higher using on-grid soaking of microcrystals compared with much larger crystals treated similarly and investigated by X-ray crystallography. These results indicate that on-grid soaking ligands into microcrystals results in efficient uptake of ligands into protein microcrystals.
履歴
登録2020年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22463
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22463
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1665
ポリマ－28,9311
非ポリマー2,2354
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.555, 67.555, 102.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-703-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / プロテイナーゼK / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物
ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Proteinase KプロテイナーゼK / タイプ: COMPLEX / 詳細: Serine protease / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.0289 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

顕微鏡モデル: TFS TALOS
詳細: Tilt series: -30 to +30, 0.25 deg/sec, 1 sec readout
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折 / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 0.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 240 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 240
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 4096 / 縦: 4096
EM回折カメラ長: 1900 mm / Tilt angle list: -30,30
EM回折 シェル解像度: 43.32→1.78 Å / フーリエ空間範囲: 94.52 % / 多重度: 4.9 / 構造因子数: 10458 / 位相残差: 18 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 94.52 % / 再高解像度: 1.78 Å / 測定した強度の数: 109326 / 構造因子数: 10458 / 位相誤差: 18 ° / 位相残差: 18 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.26 / Rsym: 0.13
反射Biso Wilson estimate: 14.37 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.55 Å / B: 67.55 Å / C: 102.77 Å / 空間群名: 96 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.78 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 13.51 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: maximum liklihood
原子モデル構築PDB-ID: 6CL7

6cl7


PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 1-279
精密化解像度: 1.78→43.32 Å / SU ML: 0.2175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6251
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 1449 6.53 %
Rwork0.1694 20756 -
obs0.1721 22205 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→43.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2093 0 0 246 2339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.00482132
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.76312906
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.045312
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0038382
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d6.8398315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.840.35171400.28792033ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.56
1.84-1.920.26051400.22852039ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95.15
1.92-20.25731540.19392037ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.97
2-2.110.26311470.18312043ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.93
2.11-2.240.22881360.17092059ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.73
2.24-2.420.22541480.15512068ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.62
2.42-2.660.22371460.16512049ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.29
2.66-3.040.17771430.15642102ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.61
3.04-3.830.16431410.14592103ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY94.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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